Bei der Ermittlung des Gewerbeertrags für Personenunternehmen sind Unterschiede zwischen dem einkommensteuerlichen Gewinn aus Gewerbebetrieb und dem Gewerbeertrag gem. § 7 GewStG zu beachten. Nur die Ergebnisse der aktiven Betriebsphase unterliegen der Gewerbesteuer. Nach dem EStG mit dem ermäßigten Steuersatz zu versteuernde Gewinne natürlicher Personen aus der Veräußerung oder Aufgabe des Gewerbebetriebs oder aus der Veräußerung oder Aufgabe einer Beteiligung an Personengesellschaften sind nach § 7 Satz 2 Nr. 2 GewStG nicht gewerbesteuerpflichtig (BFH vom 26. 06. 2007, IV R 49/04, BStBl II 2009, 289). Dies gilt auch dann, wenn die Beteiligung zum Betriebsvermögen gehört. Solche Gewinne sind, wenn sie im einkommensteuerlichen Gewinn aus Gewerbebetrieb enthalten sind, vom Gewerbeertrag zu kürzen. Verluste aus der Veräußerung oder Aufgabe eines Gewerbebetriebs oder Mitunternehmeranteils sind dem Gewerbeertrag hinzuzurechnen, wenn sie den einkommensteuerlichen Gewinn gemindert haben. Veräußerungs- und Aufgabegewinne unterliegen nur dann der Gewerbesteuer, wenn auf der Seite des Veräußerers und auf der Seite des Erwerbers dieselben Personen Unternehmer oder Mitunternehmer sind (§ 16 Abs. 2 Satz 3, Abs. 3 Satz 5 EStG). Soweit einzelne, dem Betrieb gewidmete Wirtschaftsgüter im Rahmen der Aufgabe des Betriebs veräußert werden und soweit auf der Seite des Veräußerers und auf der Seite des Erwerbers dieselben Personen Unternehmer oder Mitunternehmer sind, gilt der Gewinn aus der Aufgabe des Gewerbebetriebs als laufender Gewinn (§ 16 Abs. 2 Satz 6 EStG).
Wenn ein Mitunternehmer zunächst eine in seinem Sonderbetriebsvermögen gehaltene GmbH-Beteiligung an seine Mitunternehmerschaft veräußert, um sodann seinen gesamten Mitunternehmeranteil an einen Dritten zu veräußern, entsteht aus der Veräußerung der GmbH-Beteiligung ein laufender Gewinn, der nach § 7 Abs. 1 GewStG auch der Gewerbesteuer unterliegt (BFH vom 03. 12. 2015, IV R 4/13, BStBl II 2016, 544). Der Mitunternehmer steht dann bei der Übertragung der GmbH-Beteiligung sowohl auf der Veräußerer- als auch auf der Erwerberseite. Die Missbrauchsvorschrift des § 16 Abs. 3 Satz 5 EStG gilt über § 7 Abs. 1 GewStG auch für die Gewerbesteuer und stellt sicher, dass Veräußerungsgewinne nur steuerlich begünstigt werden, soweit Wirtschaftsgüter an Dritte und nicht "an sich selbst" veräußert werden.
Dagegen gehört der Veräußerungsgewinn doch zum Gewerbeertrag – die Ausnahme des § 7 Satz 2 GewStG greift also nicht, wenn die Veräußerung bzw. Aufgabe von Mitunternehmeranteilen durch eine zwischengeschaltete Personengesellschaft (in der Praxis häufig eine Holding-KG) erfolgt. Entfällt der Gewinn nicht auf eine natürliche Person als unmittelbar beteiligter Mitunternehmer, sondern auf eine zwischengeschaltete Personengesellschaft – doppel- bzw. mehrstöckige Personengesellschaft –, so kommt die Ausnahmevorschrift nicht zur Anwendung, und der Veräußerungs- bzw. Aufgabegewinn unterliegt der Gewerbesteuer (BVerfG vom 10. 04. 2018, 1 BvR 1236/11, BStBl II 2018, 303). Auch sah das BVerfG keinen Gleichheitsverstoß darin, als ein Mitunternehmer sich zur Veräußerung der Anteile über seine zwischengeschalteten Personengesellschaften entschied, dies also zur Gewerbesteuerpflicht für diesen Veräußerungsvorgang führte und die Personengesellschaft selbst mit der Gewerbesteuer belastet war. Nach Ansicht des BVerfG ist es Aufgabe der Gesellschafter, die interne Gewinn- und Verlustverteilung auch unter Berücksichtigung anfallender Steuerpflichten zu regeln. Durch Gesellschaftsvertrag können etwaige Freistellungspflichten des die Gesellschaft verlassenden Gesellschafters im Hinblick auf Steuern vereinbart werden, die dadurch bei der Gesellschaft anfallen (BVerfG vom 10. 04. 2018 a. a. O.).