Ist eine Genehmigung zum Betreiben von Windenergieanlagen erteilt, kann die Frage Bedeutung erlangen, ob aus naturschutzrechtlichen Gründen eine nachträgliche Beschränkung des Betriebs der Windenergieanlagen erfolgen kann. Das BVerwG hat entschieden, dass sich die Beschränkung etwa wegen des artenschutzrechtlichen Tötungs- und Verletzungsverbots nach § 44 Abs. 1 Nr. 1 BNatSchG auf die naturschutzrechtliche Generalklausel des § 3 Abs. 2 BNatSchG als Ermächtigungsgrundlage stützen könne (Urt. v. 29.12.2023 – 7 C 4/22, NVwZ 2024, 754 ff.). Nach dieser Vorschrift überwachen die für Naturschutz und Landschaftspflege zuständigen Behörden die Einhaltung der Vorschriften dieses Gesetzes und der aufgrund dieses Gesetzes erlassenen Vorschriften und treffen nach pflichtgemäßem Ermessen die im Einzelfall erforderlichen Maßnahmen, um deren Einhaltung sicherzustellen, soweit nichts anderes bestimmt ist. Die Befugnis der Naturschutzbehörden zum Erlass nachträglicher artenschutzrechtlicher Anordnungen nach § 3 Abs. 2 BNatSchG zulasten immissionsschutzrechtlich genehmigter Anlagen finde jedoch ihre Grenzen in der Tatbestandswirkung der immissionsschutzrechtlichen Genehmigung sowie in den gesetzlichen Vorschriften zu deren Aufhebung durch die Immissionsschutzbehörde.
In Bezug auf die Tatbestandswirkung führt das BVerwG aus, ein Verwaltungsakt entfalte, solange er nicht aufgehoben sei, mit der in ihm verbindlich mit Wirkung nach außen getroffenen Regelung Bindungswirkung auch gegenüber anderen Behörden. Die immissionsschutzrechtliche Genehmigung habe Gestattungs- und Feststellungswirkung. Zum einen gestatte sie die Errichtung und den Betrieb der genehmigten Anlage. Zum anderen stelle sie fest, dass die Anlage mit den zum Zeitpunkt der Genehmigungserteilung geltenden, zum Prüfprogramm nach § 6 Abs. 1 BImSchG gehörenden öffentlich-rechtlichen Vorschriften vereinbar sei. Insoweit lasse sich auch von einer Legalisierungswirkung der Genehmigung sprechen. Aufgrund der Anknüpfung an den Zeitpunkt der Genehmigungserteilung erstrecke sich die Feststellungswirkung jedoch nicht auf nachträgliche Änderungen der Sach- oder Rechtslage. Im Immissionsschutzrecht gebe es keinen allgemeinen Grundsatz, wonach dem Anlagenbetreiber eingeräumte Rechtspositionen trotz wesentlicher Änderungen der Sach- oder Rechtslage zu belassen seien und nur gegen Entschädigung entzogen werden dürften.
Eine weitere Grenze finde die Befugnis der Naturschutzbehörden zum Erlass nachträglicher Anordnungen nach § 3 Abs. 2 BNatSchG darin, dass die Anordnung keine (Teil-)Aufhebung der immissionsschutzrechtlichen Genehmigung bewirken dürfe. Derartige Regelungen dürften nur gestützt auf § 21 BImSchG (Widerruf) oder § 48 VwVfG (Rücknahme) – und unter Wahrung der dort geregelten besonderen Voraussetzungen (u.a. Fristen) – von der dafür zuständigen immissionsschutzrechtlichen Genehmigungsbehörde erlassen werden.