Wird vor Ablauf der Festsetzungsfrist beim Steuerpflichtigen mit einer Steuerfahndung zur Ermittlung der Besteuerungsgrundlagen i. S. d. § 208 Abs. 1 AO begonnen, läuft die Festsetzungsfrist gem. § 171 Abs. 5 Satz 1 AO insoweit nicht ab, bevor die aufgrund der Ermittlungen zu erlassenden Steuerbescheide unanfechtbar geworden sind. Das Gleiche gilt nach Satz 2, wenn dem Steuerpflichtigen vor Ablauf der Festsetzungsfrist die Einleitung des Steuerstrafverfahrens oder Bußgeldverfahrens wegen einer Steuerordnungswidrigkeit bekannt gegeben worden ist.
Der wesentliche Unterschied zur Außenprüfung liegt darin, dass bei der Steuerfahndung nach § 208 Abs. 1 AO zuvor keine Prüfungsanordnung ergeht. Der Umfang der Ablaufhemmung ergibt sich hier nur aus dem tatsächlichen Umfang der Fahndungsprüfung. Der Beginn der Fahndungsprüfung hemmt die Festsetzungsfrist für die steuerlichen Sachverhalte, auf die die Prüfung sich tatsächlich erstreckt. Dabei kommt es nicht darauf an, in welchem Zeitpunkt die Prüfungshandlungen für einzelne Steuerarten und Besteuerungszeiträume durchgeführt werden, wenn nur der Beginn der Fahndungsprüfung vor dem Ablauf der Festsetzungsfrist liegt. Im Gegensatz zur Außenprüfung bezieht sich die Steuerfahndung (bzw. das Steuerstraf- und -bußgeldverfahren) nicht generell auf Zeiträume, sondern punktuell auf bestimmte, wenn auch unter Umständen über eine bestimmte Zeitdauer verwirklichte Sachverhalte. Die Ablaufhemmung greift daher, anders als die bei der Außenprüfung, nur punktuell hinsichtlich der auf diesen Sachverhalten beruhenden Steuern ein; im Übrigen tritt Teilverjährung ein.
Voraussetzung für die verjährungshemmende Wirkung der Ermittlung der Besteuerungsgrundlagen durch die Steuerfahndung ist, dass für den Steuerpflichtigen klar und eindeutig erkennbar ist, in welchen konkreten Steuerangelegenheiten ermittelt wird.
Unterbricht die Steuerfahndung die Ermittlungen unmittelbar nach ihrem Beginn für die Dauer von mehr als 6 Monaten aus Gründen, die sie zu vertreten hat, tritt die Ablaufhemmung nicht ein. Die Wiederaufnahme der Prüfung nach einer solchen Unterbrechung gilt als Beginn einer erneuten Prüfung und hat erst ab diesem Zeitpunkt eine Ablaufhemmung der Festsetzungsfrist zur Folge. Deren Umfang hängt von den nach der Wiederaufnahme vorgenommenen Ermittlungshandlungen ab.
Die Ablaufhemmung nach § 171 Abs. 5 AO endet erst mit Unanfechtbarkeit der aufgrund der Ermittlungen zu erlassenden Steuerbescheide. Eine Auswertungsfrist besteht – im Gegensatz zur Regelung hinsichtlich der Außenprüfung – also nicht. Damit hängt die Beendigung der Ablaufhemmung bei Steuerfahndungen von einem Tätigwerden des Finanzamts ab, ohne dass ihm vom Gesetz eine zeitliche Grenze gesetzt ist. Eine Grenze wird nur durch den Eintritt der Verwirkung gezogen. Dies setzt Umstände voraus, die die verspätete Rechtsausübung des Finanzamts als Verstoß gegen Treu und Glauben erscheinen lassen. Ob die BFH-Grundsätze zur Annahme von Verwirkung nach der Rechtsprechung des EuGH zur überlangen Verfahrensdauer uneingeschränkt fortgelten können, ist fraglich; das FG Rheinland-Pfalz hatte Bedenken und deshalb in einem Streitfall, bei dem es um eine fast 10-jährige Unterbrechung einer Fahndungsprüfung ging, Aussetzung der Vollziehung gewährt.