Betriebsprüfungen fokussieren zwar regelmäßig eher auf ertragsteuerliche Fragestellungen, jedoch gelten die obigen Ausführungen hier genauso. Betriebsprüfer waren nicht selten vorher als Umsatzsteuer-Sonderprüfer tätig. Des Weiteren wurden auch bei einzelnen Groß- und Konzernbetriebsprüfungsämtern spezielle Umsatzsteuerprüferteams aufgebaut.
Selbst wenn die Umsatzsteuer im Rahmen der Prüfung nicht originär im Fokus stehen sollte, können sich erhebliche Auswirkungen auch aus Folgewirkungen ertragsteuerlicher Prüfungsschritte und Feststellungen ergeben.
Bei Prüfungen, die die Umsatzsteuer nicht speziell in den Blick nehmen, ist festzustellen, dass bei Vorliegen entsprechender Sachverhalte besonders häufig der Vorsteuerabzug des (richtigen) Leistungsempfängers, eine gesellschaftsrechtliche Veranlassung oder Leistungen von Gesellschaftern im Zusammenhang mit Umstrukturierungen, Unternehmens- oder Anteilsveräußerungen in den Blick genommen werden. Gerade im Bereich von Unternehmenskäufen oder Umstrukturierungen können umsatzsteuerliche Feststellungen zum Verlust von Vorsteuerbeträgen für Beratungskosten etc. in signifikanter Höhe führen.
Typisches Prüffeld der Betriebsprüfung ist auch der Betriebsausgabenabzug. Wird dieser versagt, kann dies aufgrund von § 15 Abs. 1a UStG i. V. m. § 4 Abs. 5 Satz 1 Nr. 1 – 4, 7 und § 12 Nr. 1 EStG auch Auswirkungen auf den Vorsteuerabzug haben.
Im Rahmen der Betriebsprüfung, die wie die Umsatzsteuer-Sonderprüfung angeordnet und entsprechend bekanntgegeben werden muss, treffen den Steuerpflichtigen diverse Mitwirkungspflichten. Er hat insbesondere Auskünfte zu erteilen und Aufzeichnungen, Bücher, Geschäftspapiere und andere Urkunden zur Einsicht und Prüfung vorzulegen. Außerdem muss der Steuerpflichtige die Finanzbehörde bei Ausübung ihrer Befugnisse nach § 147 Abs. 6 AO unterstützen.
Frist für die Erfüllung von Mitwirkungspflichten
Grds. kann die Vorlage von Unterlagen usw. bereits mit der Prüfungsanordnung – also vor Beginn der eigentlichen Prüfung – verlangt werden und das Fristende kann auf den Prüfungsbeginn gelegt werden. Dies gilt insbesondere, wenn die Prüfung in den Räumlichkeiten des Finanzsamtes stattfinden soll.
Kommt der Steuerpflichtige diesen Mitwirkungspflichten nicht nach, kann nach § 146 Abs. 2c AO ein Verzögerungsgeld verhängt werden. Die Verhängung von Verzögerungsgeldern im Rahmen der Außenprüfung ist der Hauptanwendungsfall des Verzögerungsgeldes.
Verzögerungsgeld ohne Androhung
Die Finanzämter müssen ein Verzögerungsgeld nicht gesondert androhen, wenn der Steuerpflichtige die gesetzte Frist nicht einhält.
Allgemein werden Finanzämter vorab auf die Möglichkeit einer Festsetzung von Verzögerungsgeld schriftlich hinweisen.
Kein Wegfall des Verzögerungsgeldes bei nachgeholter Mitwirkung
Die Festsetzung eines Verzögerungsgeldes sollte unbedingt vermieden werden, da dieses – im Gegensatz zu einem festgesetzten Zwangsgeld – auch bei späterer Erfüllung der Mitwirkungspflicht zu zahlen ist. Kann eine Prüferanfrage nicht zeitnah erledigt werden, sollte rechtzeitig – unter Darlegung der Gründe – eine "Fristverlängerung" beim Prüfer angestrebt werden. Keinesfalls sollten Fristen kommentarlos verstreichen.
Eine mehrfache Festsetzung von Verzögerungsgeldern wegen fortdauernder Nichtvorlage derselben Unterlagen ist unzulässig.
Feststellungen in Betriebsprüfungen führen ggü. der Sonderprüfung vielfach zu höheren Belastungen für den Unternehmer, da sie üblicherweise zeitlich erheblich später erfolgen. Folglich wird es im Zweifel schwieriger, bei Fehlern Umsatzsteuer noch an Vertragspartner nachzubelasten. Auch laufen regelmäßig bereits Zinszeiträume und die Zinsen können erheblich höher ausfallen als bei zeitlich näherliegenden Sonderprüfungen.
Soweit im Rahmen einer Außenprüfung abweichende Feststellungen getroffen wurden und sich die Sachverhalte auch in Folgezeiträumen fortsetzen, sind grds. Berichtigungen für diese durchzuführen.
Besteht insoweit Uneinigkeit und sollen die Sachverhalte auch in Folgezeiträumen entgegen der Auffassung der Finanzbehörde behandelt werden, empfiehlt es sich, dies der Finanzbehörde mitzuteilen und bei Einreichung von Voranmeldungen oder Jahreserklärungen, die von der Verwaltungsauffassung abweichen, erläuternde Begleitschreiben zu übersenden.
Gegen die Prüfungsfeststellungen kann kein Einspruch eingelegt werden. Es wäre bei Bedarf gegen die Festsetzungen, in denen die Außenprüfungsergebnisse Niederschlag finden, Einspruch einzulegen.
Neben der allgemeinen Betriebsprüfung können auch Feststellungen im Rahmen anderer Außenprüfungen, wie Zoll- oder der Lohnsteueraußenprüfung zu Folgen bei der Umsatzsteuer führen. So können z. B. fehlerhaft bewertete Leistungen an das Personal, wie unentgeltliche oder verbilligte Sachbezüge sowie Betriebsveranstaltungen, aufgedeckt werden und es kann in der Folge zu Korrekturen beim Vorsteuerabzug oder der Umsatzbesteuerung kommen. Zollprüfungen können z. B. zu geänderten Tarifierung...