Die Gewerbesteuer wurde im 19. Jahrhundert aus dem Bestand der bis dahin erhobenen Abgaben übernommen, um den Kommunen Einnahmen zu sichern. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts wurde in den deutschen Staaten eine allgemeine Gewerbesteuer als Staatssteuer geschaffen. Seit der Miquel’schen Steuerreform von 1891 wurden alle Gewerbebetriebe der Steuerpflicht unterworfen. Das Kommunalabgabengesetz von 1893 gestaltete die Gewerbesteuer als Gemeindesteuer aus. Auch in der Weimarer Republik war die Gewerbesteuer als Gemeindesteuer anerkannt, stand aber unter dem Vorbehalt der reichsgesetzlichen Regelung und der Ertragshoheit der Länder. Die landesrechtlichen Regelungen wichen besonders in der Steuerberechtigung stark voneinander ab. Durch die Realsteuerreform 1936 wurde die Gewerbesteuer zur reinen Gemeindesteuer. Im Jahr 1951 übte der Bund sein Recht zur konkurrierenden Gesetzgebung gem. Art. 105 Abs. 2 GG aus und legte in § 1 GewStG fest, dass die Gewerbesteuer eine Gemeindesteuer ist. Die verfassungsrechtliche Garantie der Gewerbesteuer wurde im Finanzreformgesetz 1970 in der Form ergänzt, dass die Gemeinden am Aufkommen der Einkommensteuer beteiligt sind und Bund und Länder im Wege der Umlage am Gewerbesteueraufkommen beteiligt werden können. Ab 1998 wurde die Gewerbekapitalsteuer abgeschafft, und die Gemeinden wurden zum Ausgleich am Aufkommen der Umsatzsteuer beteiligt. Die Gewerbeertragsteuer und das Hebesatzrecht der Gemeinden wurden durch ausdrückliche Nennung in Art. 106 Abs. 6 und in Art. 28 Abs. 2 Satz 3 GG abgesichert. Die Gemeinden haben nach Art. 106 Abs. 6 GG das Recht, die Höhe der Gewerbesteuer durch Festsetzung und Anwendung der Hebesätze i. R. d. Gesetze zu bestimmen. Seit 2004 besteht auch eine gesetzliche Verpflichtung für alle Gemeinden, die Gewerbesteuer zu erheben; seither gilt ein Mindesthebesatz von 200 %, um Steueroasen einzudämmen und den Steuerwettbewerb zu Lasten anderer Gemeinden zu verhindern.
In der Steuerrechtswissenschaft wird seit langem die Forderung erhoben, die Gewerbesteuer abzuschaffen und durch eine zeitgemäße Form der Kommunalfinanzierung zu ersetzen. Als ein denkbares Modell gilt die Ersetzung der Gewerbesteuer durch ein kommunales Zuschlagsrecht zur Einkommen- und Körperschaftsteuer. Andere fordern dagegen die Ausdehnung der Gewerbesteuerpflicht auf Freiberufler und die Verbreiterung der Bemessungsgrundlage durch weitere Hinzurechnungen. Der Sachverständigenrat schlug vor, anstelle der Körperschaftsteuer eine föderale Unternehmensteuer und statt der Gewerbesteuer eine kommunale Unternehmensteuer mit einheitlicher Bemessungsgrundlage vorzusehen (Sachverständigengutachten 2006/07, 316). Diese "große Lösung" wurde jedoch von der Bund-Länder-Arbeitsgruppe nicht weiter verfolgt. Die Reformmaßnahmen der letzten Jahre haben am System der Gewerbesteuer nichts Wesentliches geändert. Bis auf die Abschaffung der Lohnsummensteuer und der Gewerbekapitalsteuer wurde keiner der Reformvorschläge verwirklicht. In den vergangenen Jahren wurde die Belastung der Unternehmen mit Gewerbesteuer fortlaufend verringert, insbesondere durch die inzwischen wieder abgeschaffte Tarifbegrenzung für gewerbliche Einkünfte bei der Einkommensteuer (§ 32c EStG) und durch die Anrechnung der Gewerbesteuer als Steuerermäßigung bei den Einkünften aus Gewerbebetrieb (§ 35 EStG).
Die im Zuge der Unternehmensteuerreform 2008 eingeführten Regelungen führten aber in umgekehrter Richtung zu einer Revitalisierung der Gewerbesteuer. Durch die Unternehmensteuerreform 2008 wurde die rechtsformabhängige Belastungswirkung der Gewerbesteuer verstärkt. Die Absenkung der Gewerbesteuermesszahl von 5 % auf 3,5 % ging einher mit der neu eingeführten Nichtabziehbarkeit der Gewerbesteuer, der Ausweitung der Hinzurechnungstatbestände und der Abschaffung der Eingangsstaffel bei Personenunternehmen. Damit entfernen sich die Bemessungsgrundlagen der ESt/KSt und der Gewerbesteuer noch weiter voneinander. Bei Personenunternehmen verliert die Gewerbesteuer durch die Ausweitung der pauschalierten Anrechnung auf die Einkommensteuer (§ 35 EStG) an Gewicht. Die Anrechnung der Gewerbesteuer auf die Einkommensteuer wird durch die Erhöhung des Anrechnungsfaktors von 1,8 auf 3,8 ausgedehnt, um einen Ausgleich für den Wegfall der Abziehbarkeit der Gewerbesteuer zu schaffen. Dadurch verliert die Gewerbesteuer im Regelfall bis zu einem Hebesatz von 380 % (einschließlich SolZ 400 %) ihre Belastungswirkung. Im Bereich der Kapitalgesellschaften geht die Gewerbesteuer dagegen in vollem Umfang in die Unternehmensteuerbelastung ein und wird dadurch häufig zur dominierenden Unternehmensteuer. Das Ziel der kommunalen Unternehmensteuer ist damit in weite Ferne gerückt.
Es wird kritisiert, dass die verstärkte Besteuerung ertragsunabhängiger Elemente bei der Gewerbesteuer zu einer Ausweitung der Substanzbesteuerung führen kann. Als weitere Gegenargumente gegen die Gewerbesteuer werden ihr Charakter als deutsche Spezialität und die Gefahr von Wettbewerbsverzerrungen...