Die Betriebsprüfung setzt zahlreiche mathematisch-statistische Methoden zur Aufdeckung von Unregelmäßigkeiten in der Buchhaltung und in den Aufzeichnungen ein, z. B. ganz konkret bei der Prüfung von Kassen- oder Fahrtenbüchern. Dazu wird die Software IDEA mit verschiedenen "Plausibilitäts-Tests" eingesetzt.
- Chi-Quadrat-Test: Dieses Rechenmodell geht davon aus, dass jeder Mensch Präferenzen für bestimmte Zahlen hat. "Manipuliert" er mit den Zahlen (z. B. bei der Erstellung von Kassenbüchern), kann man die typischerweise verwendete Zahlenpräferenz nachweisen. Frei erfundene Zahlen weisen bestimmte Gesetzmäßigkeiten auf.
- Benford-Verteilung: Diese Methode basiert auf der Erfahrung über die Verteilung von Ziffern in Zahlenreihen. Die Wahrscheinlichkeit, dass eine Zahl an erster Stelle mit der Ziffer 1 beginnt, ist signifikant höher als bei anderen Zahlen. Je höher die Ziffer, umso mehr sinkt die Wahrscheinlichkeit, dass diese als führende Ziffer einer Zahl vorkommt. Die Ziffer 9 erscheint also weniger wahrscheinlich als 1. Ziffer einer Zahlenreihe (Zeitreihenvergleiche).
Zeigen die Auswertungen Auffälligkeiten in den Zahlenreihen der Steuerunterlagen, stellt der Prüfer weitere Nachforschungen an oder unterstellt Manipulationen.
Mit der sog. zeitnahen Betriebsprüfung wird der zeitliche Abstand zwischen Veranlagungszeitraum und Prüfung verringert. Damit wird die Prüfung sämtlicher Steuerunterlagen und Steuervorgänge schon vor Einreichung der endgültigen Steuererklärung durchgeführt. Das geschieht in drei Schritten:
- Zunächst werden die Steuererklärungen vorbereitet
- Dann erfolgt eine Überprüfung der Steuererklärungen durch die Betriebsprüfung
- Nach Übernahme der vom Betriebsprüfer verlangten Korrekturen und Änderungen der Steuerunterlagen werden die nun endgültigen Steuererklärungen eingereicht und veranlagt
Zur zeitnahen Betriebsprüfung muss das Unternehmen eine sog. steuerliche Selbstauskunft geben. Diese umfasst Angaben zu allen gesellschaftlichen und steuerlichen Änderungen (z. B. Gesellschafterwechsel), die Aufzählung und freiwillige Nennung von prüfungsrelevanten Sachverhalten (z. B. Umstrukturierungsmaßnahmen oder Änderungen in den Rechtsbeziehungen zwischen Konzern-Unternehmen) sowie Angaben zu allen Vorgängen, die steuerliche Bedeutung haben (Zukäufe, Änderung von Verrechnungspreisen).
Ein Vorteil der zeitnahen Betriebsprüfung für den Steuerpflichtigen liegt in einer schnelleren Rechtssicherheit. Das Verfahren kann zu einem geringeren Zinsaufwand für Steuernachzahlungen aus Beanstandungen oder Korrekturen durch die Betriebsprüfung führen.
Großer Nachteil: Das Unternehmen muss durch die erforderliche Selbstauskunft viele Informationen preisgeben. Dies führt in der Praxis zu einem erheblichen Mehraufwand und schränkt taktisches Verhalten während der Betriebsprüfung ein. Das sieht z. B. das FG Köln. Wörtlich heißt es da: "Die belastende Wirkung einer Anschlussprüfung verstärkt sich, wenn sie gegen den Willen des Steuerpflichtigen auf einen Besteuerungszeitraum verkürzt wird, sodass jährlich die Durchführung einer Betriebsprüfung erduldet werden muss."