Es erfolgt zunächst ein (ggf. anonymes) Vorgespräch zwischen dem Stpfl. (bzw. einem Berater) und der Finanzverwaltung (sog. Prefiling), das den Inhalt und den möglichen Verfahrensgang zum Gegenstand hat. Das eigentliche Verfahren wird durch einen Antrag des Stpfl. (in Deutschland an das BZSt zu richten) eingeleitet, welcher die Verrechnungspreismethode vorschlägt und begründet, die Gültigkeitsbedingungen definiert und dem die erforderlichen Unterlagen beigefügt sind. Mit Antragstellung wird nach § 89a Abs. 2 Satz 5 AO eine Gebühr i. H. v. 30.000 EUR erhoben, in den Fällen der Verlängerung von 15.000 EUR. Unter den Voraussetzungen des Satz 7 bzw. des Satzes 8 kann eine Verringerung dieser Gebühr erfolgen. In einigen Staaten ist ein solcher Antrag unentgeltlich möglich.
Im Rahmen des Vorprüfungsverfahrens untersucht die Finanzverwaltung die formalen Anforderungen des APA-Verfahrens. Im Anschluss daran leitet sie nach pflichtgemäßem Ermessen das zwischenstaatliche Vorabverständigungsverfahren ein. Der Stpfl. hat nur dann einen Anspruch auf die Durchführung eines APA, wenn dieses nach pflichtgemäßem Ermessen geboten ist, bzw. es beginnt bei einem unilateralen APA mit den Verhandlungen mit dem Stpfl. Bei einem bilateralen APA handelt es sich um ein Verfahren auf der Grundlage von Art. 25 Abs. 1 und 2 OECD-MA nachgebildeten Regelungen in dem jeweiligen DBA. Hieran schließen sich die eigentlichen APA-Verhandlungen an. Diese werden bei unilateralen DBA zwischen der Finanzverwaltung und dem Stpfl. geführt. Bei bilateralen DBA ist der Gesprächspartner der deutschen Finanzverwaltung die ausl. Finanzbehörde, wobei sich die konkrete Zuständigkeit nach den ausl. Regelungen richtet. Sind diese Verhandlungen, an denen der Stpfl. nicht beteiligt ist, abgeschlossen, werden die Ergebnisse dem Stpfl. vorgelegt. Will er die verhandelten Ergebnisse für sich nutzen können, muss er den Rechtsmittelverzicht gem. § 354 Abs. 1a AO erklären. I. d. R. wird der Stpfl. keine Möglichkeit haben, das verhandelte Ergebnis abzulehnen. Schließlich besteht für die beteiligten Finanzbehörden kein Verwertungsverbot der im Rahmen des APA-Prozesses erlangten Informationen und der gefundenen Ergebnisse. Dies gilt auch, wenn das Verfahren nicht zu einer Verständigung zwischen den Finanzverwaltungen führt.
Tritt das APA in Kraft, bindet es die beteiligten Finanzverwaltungen. Der Antragsteller ist nicht verpflichtet, den im APA dargestellten Sachverhalt überhaupt oder in der dargestellten Weise zu verwirklichen. Damit kann u. a. veränderten (wirtschaftlichen) Rahmenbedingungen Rechnung getragen werden. Die Laufzeit des APA beginnt i. d. R. mit Beginn des Jahrs, in dem der Antrag gestellt wurde, beträgt regelmäßig 3 bis 5 Jahre und kann ggf. in einem vereinfachten Verfahren verlängert werden. Während der Laufzeit (aber auch bereits mit Antragstellung) treffen den Antragsteller Mitwirkungspflichten: Er hat über die Erfüllung der Gültigkeitsbedingungen (sog. Critical Assumptions) – also Umstände, welche die Geschäftsbeziehung maßgeblich beeinflussen – i. d. R. jährlich zu berichten. In der Praxis haben die Finanzverwaltungen auch eine rückwirkende Anwendung des APA-Ergebnisses vor dem Zeitpunkt der Antragstellung gestattet. Dies ist jeweils Teil der Verhandlungen und führt dann jedoch zu einer kürzeren Restlaufzeit.
Die Vorteilhaftigkeit eines APA kann nur im Einzelfall beurteilt werden. Hierbei sind insbesondere die langen Verfahrensdauern, die hohen Mitwirkungs- und Dokumentationsanforderungen sowie die Kosten des Verfahrens negativ zu berücksichtigen. Daher kommt ein APA als Lösung wohl nur in Betracht, wenn erhebliche Verrechnungspreiskorrekturen drohen oder wenn im Rahmen einer Betriebsprüfung massive Verrechnungspreisstreitigkeiten aufgetreten sind. In einem solchen Fall werden im Rahmen der Auseinandersetzung häufig sehr umfangreiche Prüfungsmaßnahmen durchgeführt und Unterlagen erstellt. Damit liegen die notwendigen Unterlagen für die Beantragung eines APA in weiten Teilen vor, sodass eine solche Vereinbarung mit einem geringen Mehraufwand erlangt werden kann.
Wird ein APA abgeschlossen, ist darauf zu achten, dass die darin vorgesehenen Berichtspflichten erfüllt werden. Dies bedeutet, dass weitere Teile der sonst erst im Rahmen einer Betriebsprüfung vorzulegenden Unterlagen der Verrechnungspreisdokumentation dieses Sachverhalts oder der zusammengefassten Sachverhalte jährlich zu erstellen und den Finanzverwaltungen zu übermitteln sind. Administrativ führt dies u. U. nur zu einer Verlagerung von Dokumentationsaufwand, wenn davon auszugehen ist, dass eine entsprechende Dokumentation ohnehin erstellt werden müsste, insbesondere wenn das Unternehmen der Anschlussprüfung unterliegt und die Verrechnungspreisdokumentation ohnehin angefordert worden wäre. Ist dies jedoch nicht der Fall, kann es sich um eine weitere Belastung handeln. Hinzu kommt, dass damit laufend Informationen an die Finanzverwaltung herausgegeben werden müssen, die dem Stpfl. später entgeg...