Private gemeinnützige Unternehmen (i.S.d. §§ 51 ff AO) sind unabhängig von ihrer Rechtsform antragsberechtigt, wenn sie wirtschaftlich und damit dauerhaft am Markt tätig sind. Bei diesen Unternehmen wird statt auf die Umsätze auf die Einnahmen abgestellt. Die Einnahmen umfassen die am Markt erzielten Umsätze, Mitgliedsbeiträge und Spenden sowie Zuwendungen der öffentlichen Hand. Erfolgt keine monatliche Abrechnung der Einnahmen (z. B. jährliche Mitgliedsbeiträge), ist es zulässig von einer gleichmäßigen Verteilung dieser Einnahmen über das gesamte Jahr auszugehen. Zuschüsse nach dem Sozialdienstleister-Einsatzgesetz (SodEG) und die Corona-Soforthilfen sowie die 1. Phase der Überbrückungshilfe sind im Rahmen der Corona-Überbrückungshilfe nicht als Einnahmen zu berücksichtigen.
Die Förderhöchstgrenze für verbundene Unternehmen in Höhe von 200.000 Euro (Konsolidierungsgebot) gilt nicht für gemeinnützige Unternehmensverbünde und gemeinnützige Unternehmen mit mehreren Betriebsstätten (z. B. Zweckbetrieben) wie beispielsweise Jugendherbergen, Schullandheime, Träger des internationalen Jugendaustauschs sowie Einrichtungen der Behindertenhilfe. Für die einzelnen gemeinnützigen Unternehmen oder Betriebsstätten kann jeweils ein eigener Antrag gestellt werden, auch wenn diese einen Unternehmensverbund bilden. Hierbei wird jeweils auf die Umsätze (Einnahmen), Fixkosten, Mitarbeiterzahl und Schwellenwerte der antragstellenden Einheit (Verbundunternehmen oder Betriebsstätte) abgestellt. Dieser Antrag ist im Fall von Betriebsstätten durch das übergeordnete Unternehmen zu übermitteln.
Allerdings sind auch bei gemeinnützigen Unternehmen die beihilferechtlichen Höchstgrenzen für das Unternehmen im beihilferechtlichen Sinne zu beachten. Hierbei ist ggf. der Unternehmensverbund ausschlaggebend. Entsprechend darf sich das Unternehmen bzw. der Unternehmensverbund zum 31.12.2019 nicht in wirtschaftlichen Schwierigkeiten befunden haben oder die Größenkriterien für den Zugang zum Wirtschaftsstabilisierungsfonds erfüllen (siehe 1.1).
Bezüglich des Eigenkapitalkriteriums zur Bestimmung des Status "Unternehmen in Schwierigkeiten" gilt: Wenn ein Unternehmen im beihilferechtlichen Sinne keine Eigenmittel gemäß Art. 2 Nr. 18 lit. a und b AGVO hat (z. B. Vereine), sind diese Bestimmungen nicht anwendbar.
Gilt nur ein Teil eines Unternehmensverbunds als gemeinnützig, ein anderer Teil (bspw. die Träger) jedoch nicht, gelten die hier genannten Bestimmungen für gemeinnützige Unternehmen nur für den gemeinnützigen Teil des Unternehmensverbundes. Folglich könnte in diesem Fall ein separater Antrag für jedes gemeinnützige Unternehmen bzw. jede gemeinnützige Betriebsstätte im Unternehmensverbund gestellt werden. Für alle nicht-gemeinnützigen Verbundunternehmen könnte insgesamt nur ein gemeinsamer Antrag gestellt werden.