Im Falle der Unterbeteiligung an Einkünften aus Gewerbebetrieb ist zwischen einer typischen und einer atypischen Unterbeteiligung zu unterscheiden.
Atypische Unterbeteiligung: Der atypisch Unterbeteiligte erzielt die Gewinneinkünfte, wenn er Mitunternehmer i.S.d. § 15 Abs. 1 S. 1 Nr. 2 EStG ist, d.h. ein Mitunternehmerrisiko trägt und Mitunternehmerinitiative entfalten kann. Er ist neben seiner Beteiligung an den Einkünften auch an den stillen Reserven und am Auseinandersetzungsguthaben beteiligt (BFH v. 24.7.1987 – IV R 103/83, BStBl. II 1987, 54). Hier kann gem. § 179 Abs. 2 S. 3 AO eine besondere gesonderte und einheitliche Feststellung vorgenommen werden (vgl. Punkt VI). Von dieser Möglichkeit ist aufgrund des Geheimhaltungsbedürfnisses der Betroffenen regelmäßig Gebrauch zu machen (AEAO zu § 179, Ziff. 4). Ist aber eine Personengesellschaft atypisch still an einer Kapitalgesellschaft beteiligt, dürfen die Feststellungen der Einkünfte aus der Personengesellschaft und aus der atypisch stillen Gesellschaft nicht in einem einheitlichen Feststellungsbescheid getroffen werden; vielmehr sind zunächst die vom Inhaber des Handelsgeschäfts und dem atypisch stillen Gesellschafter gemeinschaftlich erzielten Einkünfte gesondert und einheitlich festzustellen. Die so festgestellten Einkünfte sind dann einerseits in den Körperschaftsteuerbescheid der Kapitalgesellschaft und andererseits in den die Personengesellschaft betreffenden weiteren Bescheid über die gesonderte und einheitliche Feststellung von deren Einkünften zu übernehmen (BFH v. 21.10.2015 – IV R 43/12, BStBl. II 2016, 517 = AO-StB 2016, 124; AEAO zu § 179, Ziff. 4).
Typische Unterbeteiligung: Ist der Unterbeteiligte nicht als Mitunternehmer anzusehen, liegt eine typische (stille) Unterbeteiligung vor, die regelmäßig zu Einkünften aus Kapitalvermögen i.S.d. § 20 EStG führt (BFH v. 9.11.1988 – I R 191/84, BStBl. II 1989, 343). Für das "Gesellschaftsverhältnis" zwischen dem Hauptbeteiligten und dem Unterbeteiligten erfolgt keine eigenständige Feststellung.
Unterbeteiligung an Einkünften aus Vermietung und Verpachtung: Die oben vorgestellten Grundsätze zur Anerkennung von atypischen Unterbeteiligungen an Personengesellschaften mit Einkünften aus Gewerbebetrieb lassen sich auf die Fälle der Unterbeteiligung an Einkünften aus Vermietung und Verpachtung nach Auffassung des BFH nicht übertragen (BFH v. 3.12.1991 – IX R 155/89, BStBl. II 1992, 459; BFH v. 17.12.1996 – IX R 30/94, BStBl. II 1997, 406). Schließen sich mehrere Personen zusammen, um Einkünfte aus Vermietung und Verpachtung zu erzielen, so sind diesen die Einkünfte zuzurechnen, wenn sie in gesamthänderischer Verbundenheit den Tatbestand der Einkunftsart Vermietung und Verpachtung verwirklichen. Die Unterbeteiligung am Gesellschaftsanteil eines Gesellschafters führt jedenfalls dann nicht zu einer Verlagerung von anteiligen Einkünften aus Vermietung und Verpachtung auf den Unterbeteiligten, wenn dieser nach außen hin nicht als Vermieter in Erscheinung tritt und der Hauptgesellschafter ihn lediglich auf schuldrechtlicher Grundlage an seinem Gewinnanteil und Auseinandersetzungsguthaben beteiligt sowie Mitwirkungsrechte nur in bestimmten Gesellschaftsangelegenheiten einräumt. In derartigen Fällen ist der Unterbeteiligte lediglich am wirtschaftlichen Ergebnis des Hauptgesellschafters beteiligt. Damit sind Unterbeteiligter und Hauptbeteiligter nicht an den gleichen Einkünften beteiligt, so dass hinsichtlich der Unterbeteiligungsverhältnisse auch keine besondere gesonderte Feststellung nach § 179 Abs. 2 S. 3 AO hinsichtlich der Unterbeteiligung in Betracht kommt.