1.9.1 Nachweispflichten
Im Besteuerungsverfahren muss der Arbeitnehmer verschiedene Nachweise erbringen. So sind zur Ermittlung des steuerfreien Arbeitslohns Nachweise über die Ausübung der Tätigkeit in Kroatien und die Dauer des Aufenthalts zu führen. Dies können z. B. Stundenkalender, Terminpläne oder Reisekostenabrechnungen sein. Zudem hat der Arbeitnehmer die Besteuerung in Kroatien nachzuweisen. Dies ist jedoch erst im Veranlagungsverfahren erforderlich, noch nicht im Lohnsteuerabzugsverfahren.
1.9.2 Lohnsteuerabzugsverfahren
Der inländische Arbeitgeber ist grundsätzlich zum Lohnsteuerabzug verpflichtet. Inländischer Arbeitgeber ist dabei insbesondere ein Arbeitgeber, der im Inland einen Wohnsitz, seinen gewöhnlichen Aufenthalt, seine Geschäftsleitung, seinen Sitz, eine Betriebsstätte oder einen ständigen Vertreter hat.
Besteuert Deutschland den Arbeitslohn nach dem DBA, werden der Lohnsteuerabzug und die Veranlagung nach den allgemeinen Regelungen durchgeführt.
Besteuert Deutschland den Arbeitslohn nach dem DBA nicht, kann der Arbeitgeber den Arbeitslohn bereits als steuerfrei behandeln und den Lohnsteuerabzug unterlassen, wenn die Voraussetzungen nach dem DBA vorliegen. Der Arbeitgeber muss dann bereits im Lohnsteuerabzugsverfahren den Arbeitslohn der (steuerfreien) Auslandstätigkeit und der (steuerpflichtigen) Inlandstätigkeit zuordnen und gegebenenfalls aufteilen.
1.9.3 Freistellungsbescheinigung
Arbeitgeber oder Arbeitnehmer können aber auch einen Antrag auf Erteilung einer Freistellungsbescheinigung beim Betriebsstättenfinanzamt stellen. Dies kann sinnvoll sein, um ein Haftungsrisiko des Arbeitgebers zu vermeiden. Die Bescheinigung kann für einen Zeitraum bis zu 3 Jahren ausgestellt werden und ist vom Arbeitgeber als Beleg zum Lohnkonto aufzubewahren. Der steuerfrei belassene Arbeitslohn ist im Lohnkonto aufzuzeichnen und in der Lohnsteuerbescheinigung anzugeben. Der Arbeitgeber darf die Ermittlung der Lohnsteuer nach dem voraussichtlichen Jahresarbeitslohn (permanenter Lohnsteuer-Jahresausgleich) und den Lohnsteuer-Jahresausgleich nicht durchführen.
1.9.4 Einkommensteuerveranlagung
Wird der Lohnsteuerabzug trotz Steuerbefreiung vorgenommen, kann der Arbeitnehmer im Rahmen einer Antrags- oder einer Pflichtveranlagung eine Erstattung beantragen.
Unterbleibt der Steuerabzug wegen der Steuerbefreiung, ist der Arbeitnehmer verpflichtet, bei seinem Wohnsitzfinanzamt eine Steuererklärung abzugeben und eine Veranlagung durchzuführen, da die steuerfreien Einkünfte dem Progressionsvorbehalt unterliegen. Das Finanzamt kann dabei die als steuerfrei behandelten Einkünfte überprüfen und gegebenenfalls korrigieren, es ist dabei nicht an eine fehlerhaft erteilte Freistellungsbescheinigung gebunden.