Die Regelung führt nicht zu einer Umkehr der Beweislast. Vielmehr gilt auch bei grenzüberschreitenden Sachverhalten die objektive Beweis- oder Feststellungslast. Danach geht das Fehlen eines Nachweises bei steuerbegründenden Tatsachen zulasten der Finanzverwaltung, bei entlastenden Sachverhalten zulasten des Stpfl. Hierbei ist zu beachten, dass es Fälle geben kann, in denen der Stpfl. verlangte Nachweise nicht vorlegen kann, weil er hierüber weder verfügt noch dazu in der Lage ist, diese zu beschaffen. Unmögliches darf vom Stpfl. nicht verlangt werden.
Kommt der Stpfl. den erweiterten Mitwirkungspflichten nicht nach, muss er nachteilige Sachverhaltsannahmen, Bewertungen und Schätzungen im Rahmen des Angemessenen hinnehmen. Dies gilt speziell für solche Sachverhalte, die den Verdacht der Verlagerung von Einkünften in niedrig besteuernde Staaten nahelegen. In diesen Fällen wird regelmäßig die Benennung der Empfänger von Zahlungen nach § 160 AO verlangt. Diese Regelung steht neben § 90 Abs. 2 AO. Ferner hat die Finanzverwaltung die Möglichkeit, die Mitwirkung unter Anwendung von Zwangsmitteln nach § 328 AO durchzusetzen. Etwas anderes gilt nur dann, wenn der Stpfl. sich hierdurch einer Steuerstraftat oder einer Steuerordnungswidrigkeit bezichtigen würde.
Verletzt ein Beteiligter seine Mitwirkungspflichten, führt dies nicht zu einer Suspendierung der Sachverhaltsaufklärungspflicht der Finanzverwaltung. Allerdings kommt es – insbesondere wenn der Stpfl. der einzige ist, der den Sachverhalt aufklären kann – zu einem reduzierten Gewissheitsmaß bei der Sachverhaltsaufklärung. Die Finanzverwaltung muss keine unverhältnismäßigen Anstrengungen unternehmen, um die Beweisschwierigkeiten zu beseitigen, die sich aus der Verletzung der Mitwirkungspflicht ergeben. Vielmehr können die infolge der Verletzung der Mitwirkungspflichten nicht ermittelten Besteuerungsgrundlagen nach § 162 AO geschätzt werden. Hierbei geht die der Schätzung anhaftende Unsicherheit zulasten des Stpfl.
Sofern Liefer- und Leistungsbeziehungen zwischen nahe stehenden Personen i. S. v. § 1 Abs. 2 AStG oder zwischen Stammhaus und Betriebsstätte bestehen, ist zu prüfen, ob die Tatbestandsvoraussetzungen für eine Dokumentationspflicht nach § 90 Abs. 3 AO erfüllt sind. Neben den Mitwirkungspflichten nach inl. Recht sollte genau geprüft werden, welche Verpflichtungen im Ausland bestehen und wie diese angewendet werden. Dies sollte unter Rückgriff auf einen lokalen Berater geschehen.