Es ist möglich, Nicht-Unionswaren nach Erhalt einer entsprechenden Bewilligung in durch die Zollbehörde zugelassenen Räumlichkeiten oder sonstigen Stätten, sog. Zolllagern, aufzubewahren (vgl. Art. 210–225, 237–242 UZK). Dabei muss es sich um unter zollamtlicher Überwachung stehende Räume oder abgegrenzte Orte handeln. Dies können auch Abstellflächen unter freiem Himmel, Tanks für flüssige Produkte, Silos usw. sein. Es werden öffentliche und private Zolllager unterschieden. Durch ein Zolllager ist es möglich, Nicht-Unionswaren, die beispielsweise in einer Konsignationslagerstruktur für einen inländischen Abnehmer bestimmt sind, erst dann den Einfuhrabgaben zu unterwerfen, wenn sie das Lager tatsächlich verlassen. Hierdurch ergeben sich Liquiditätsvorteile und weitere Vorteile, falls Teile nie eingeführt, sondern wieder in das Drittland befördert werden.
Grundsätzlich ist in einem Zolllager, wie der Name bereits sagt, nur die Lagerung der Waren gestattet. Sollen die Waren bearbeitet, verarbeitet oder repariert werden, muss zusätzlich eine aktive Veredelung oder eine Endverwendung beantragt und bewilligt werden (vgl. Art. 241 UZK). Bestimmte einfache Tätigkeiten an den Waren sind allerdings gestattet. Das Zollrecht nennt diese "übliche Behandlungen" und zählt dazu beispielsweise das Wiegen von Waren, die Entnahme von Proben oder auch das Abfüllen oder Abpacken (vgl. Anhang 71-03 UZK-DA). Sollen Waren vorübergehend aus dem Lager entfernt werden, muss dies zuvor durch die Zollbehörde bewilligt worden sein. Anwendungsfall ist hier z. B. das Vorführen der Waren bei potenziellen Kunden.
Alle Warenbewegungen in und aus dem Lager sind aufzuzeichnen. Dabei gelten die Grundsätze ordnungsmäßiger Buchführung. Verstöße gegen die Aufzeichnungspflichten können dazu führen, dass die Waren als eingeführt gelten und es zur Entstehung der entsprechenden Einfuhrabgaben sowie ggf. von Bußgeldern kommt. Es gibt im Unionszollrecht keine maximalen Fristen für die Lagerung von Waren in einem Zolllager. Allerdings ist zu beachten, dass Waren, die für vorsteuerabzugsberechtigte Abnehmer bestimmt sind, grundsätzlich nur dann für ein Zolllagerverfahren qualifizieren, wenn der auf sie anzuwendende Zollsatz höher als 0 % ist. Alternativ ist ein Zolllagerverfahren möglich, wenn die Waren verbrauchsteuerpflichtig sind, oder wenn sie im Anwendungsbereich handelspolitischer Maßnahmen (z. B. notwendige Einfuhrgenehmigung) sind.
Beispiel
Ein Automobilzulieferer mit Werk in der Schweiz hat u. a. einen Liefervertrag mit einem deutschen Automobilhersteller. Der Automobilzulieferer ist verpflichtet, ein Teilelager auf dem Werksgelände des Automobilherstellers einzurichten.
Lösung
Wird dieses Lager als Zolllager ausgestaltet, entsteht die Einfuhrumsatzsteuer und der Einfuhrzoll erst bei Entnahme der Waren aus dem Lager.
Andernfalls muss bei jeder Lagerbeschickung eine entsprechende Verzollung und Versteuerung vorgenommen werden. Da der Einfuhrzoll nicht als Vorsteuer abgezogen werden kann, wäre in diesem Szenario der Schweizer Automobilzulieferer in der Liquidität früher belastet.