Den Antrag auf Erteilung einer Auskunft muss der Steuerpflichtige grundsätzlich bei dem Finanzamt stellen, das im Fall der Besteuerung des Sachverhalts voraussichtlich örtlich zuständig sein wird. Dies ist keinesfalls immer das (bisherige) Wohnsitzfinanzamt! Die Zuständigkeit nach § 89 Abs. 2 Satz 2 AO knüpft an die künftigen steuerlichen Verhältnisse des Steuerpflichtigen bei Verwirklichung des Sachverhalts an.
Betrifft eine verbindliche Auskunft mehrere Steuerarten und sind hierfür jeweils unterschiedliche Finanzämter zuständig, soll eine Zuständigkeitsvereinbarung nach § 27 AO herbeigeführt werden, wenn die unterschiedliche Zuständigkeit weder für den Steuerpflichtigen noch für die Finanzbehörden zweckmäßig ist. Eine derartige Zuständigkeitsvereinbarung kann auch schon vor Verwirklichung des geplanten Sachverhaltes getroffen werden. Sofern keine Zuständigkeitsvereinbarung herbeigeführt werden kann, sollen sich die beteiligten Finanzämter untereinander abstimmen, um widersprüchliche verbindliche Auskünfte zu vermeiden.
3.3.1 Zuständigkeit des Bundeszentralamts für Steuern in Sonderfällen
Bei Antragstellern, für deren Besteuerung im Zeitpunkt der Antragstellung kein Finanzamt nach den §§ 18–21 AO zuständig ist (z. B. Investoren aus dem Ausland), ist das Bundeszentralamt für Steuern (BZSt) dafür zuständig, verbindliche Auskünfte zu erteilen. Es muss dabei um Steuern gehen, die von den Landesfinanzbehörden im Auftrag des Bundes verwaltet werden. Dazu zählen u. a. Umsatz-, Einkommen-/Lohn- und Körperschaftsteuer.
Die Sonderregelung des § 89 Abs. 2 Satz 3 AO geht der allgemeinen Regelung in § 89 Abs. 2 Satz 2 AO vor. § 89 Abs. 2 Satz 3 AO stellt auf die aktuellen Verhältnisse des Antragstellers im Zeitpunkt der Antragstellung ab, während § 89 Abs. 2 Satz 2 AO auf künftige (geplante) Verhältnisse des Steuerpflichtigen (d. h. der Person, deren künftige Besteuerung Gegenstand der verbindlichen Auskunft ist) abstellt.
3.3.2 Zuständigkeit für jede Steuerart gesondert prüfen
§ 89 Abs. 2 Satz 3 AO ist für jede Steuerart gesondert anzuwenden. Dies bedeutet, dass z. B. bei einer im Ausland ansässigen natürlichen Person, die eine verbindliche Auskunft über Einkommen- und Umsatzsteuer beantragt, für die Anfrage bezüglich der Einkommensteuer das Bundeszentralamt für Steuern zuständig ist, während für die Anfrage bezüglich der Umsatzsteuer gem. § 21 AO das nach der UStZuStV zuständige Finanzamt entscheidet.
Betrifft eine verbindliche Auskunft mehrere Steuerarten und sind hierfür zum Teil das BZSt und im Übrigen ein oder mehrere Finanzämter zuständig, sollen sich die beteiligten Finanzbehörden untereinander abstimmen, um widersprüchliche verbindliche Auskünfte zu vermeiden.