Das elektronische Zertifikat ist für einen bestimmten Zeitraum gültig und läuft anschließend ab. Der Gültigkeitszeitraum beginnt mit der Ausstellung des Zertifikats. Bei Zertifikatsdatei und Sicherheitsstick beginnt der Gültigkeitszeitraum mit der Ausstellung des endgültigen Zertifikats mit Schritt 2 der Registrierung. Die Zertifikate sind 3 Jahre gültig. Der Gültigkeitszeitraum einer Signaturkarte beginnt i. d. R. bei Produktion der Karte während der Personalisierung.
Die Steuerprogramme bzw. "Mein ELSTER" informieren mehrere Wochen vorher über den bevorstehenden Ablauf des Zertifikats, sodass ein Login in "Mein ELSTER" durchgeführt werden kann. Während des Logins werden wichtige Informationen zur anstehenden Zertifikatsverlängerung übermittelt. Klickt man auf die Schaltfläche "Zertifikat verlängern", wird nach der Eingabe Ihres Passworts ein verlängerte Zertifikat als neue pfx-Datei zum Download angeboten. Danach kann man sich sofort mit dem verlängerten Zertifikat einloggen. Im Hilfebereich auf der rechten Seite der Startseite von "Mein ELSTER" wird angezeigt, wie lange das Zertifikat, mit dem man sich eingeloggt hat, noch gültig ist. Anhand dieses Datums ist erkennbar, ob das verlängerte neue Zertifikat erfolgreich importiert wurde. Die Schlüssel des Zertifikats werden durch den Import des verlängerten Zertifikats nicht verändert. Sämtliche Daten, die mit dem alten Zertifikat verschlüsselt wurden, können weiterhin gelesen und gespeicherte Entwürfe geöffnet werden.
Das verlängerte Zertifikat wird dabei automatisch abgerufen und die Nutzer können sich wie bisher in "Mein ELSTER" einloggen. Zu beachten ist, dass das Zertifikat unbedingt vor dem Ablaufzeitpunkt verlängert werden muss. Nach diesem Zeitpunkt ist ein Einloggen und damit eine Zertifikatsverlängerung nicht mehr möglich. Es gibt keinen Zugriff mehr auf die Daten. Um "Mein ELSTER" wieder nutzen zu können, muss dann der Zugang erneuert werden. Es müssen neue Aktivierungsdaten per Post und E-Mail übersandt werden. Erst nach Eingabe dieser Daten erhält man ein neues Zertifikat. Mit diesem neuen Zertifikat kann man sich dann wieder in sein Benutzerkonto einloggen. Durch den Ablauf eines Zertifikats werden die Benutzerkonten nicht automatisch gelöscht.
Unabhängig davon kann die Teilnahme am Verfahren zum Abruf von Bescheinigungen jederzeit beendet werden. Die Bescheinigungen sind anschließend nicht mehr abrufbar. Dies erreicht man, indem man im Bereich "Mein ELSTER" den Menüpunkt "Formulare und Leistungen" auswählt und unter dem Unterpunkt "Bescheinigungen verwalten", "Zustimmung und Abrufcode" den "Stornieren"-Button anklickt. Wer selbst nicht über die technischen Voraussetzungen verfügt, seine Abrufberechtigungen elektronisch einzusehen oder zu verwalten, und die Erlaubnis über FSC erteilt hat, kann sich an eine sog. Rechteverwaltungsstelle (ReVerSt) wenden, die erteilte Berechtigungen oder auch noch offene Rechteanfragen stornieren kann. Die zuständige Rechteverwaltungsstelle kann per Telefon (0800-5 23 50 55) oder E-Mail (hotline@elster.de) erfragt werden.