Die Finanzverwaltung hat sich inzwischen den Grundsätzen der Rechtsprechung für die Aufteilung der Vorsteuer bei gemischt genutzten Grundstücken angeschlossen. Bei Anschaffung oder Herstellung eines Gebäudes gilt die sog. Ein-Topf-Theorie, d.h. die gesamten auf die Anschaffungs- oder Herstellungskosten des Gebäudes entfallenden Vorsteuerbeträge sind nach § 15 Abs. 4 UStG aufzuteilen. Für die Zurechnung dieser Vorsteuerbeträge ist die "prozentuale" Aufteilung der Verwendung des gesamten Gebäudes zu vorsteuerunschädlichen bzw. vorsteuerschädlichen Umsätzen maßgebend, es erfolgt keine vorherige direkte Zuordnung von Eingangsleistungen zu den Umsätzen, die zum Vorsteuerabzug berechtigen bzw. diesen ausschließen.
Die Aufteilung der Vorsteuer soll dann vorrangig nach einem objektbezogenen Flächenschlüssel erfolgen. Bei erheblich voneinander abweichender Ausstattung der Räume kann ein objektbezogener Umsatzschlüssel eine präzisere Aufteilungsmethode darstellen. Bei Abweichungen in der Geschosshöhe kann auch eine Aufteilung nach dem umbauten Raum in Frage kommen. Beim Erwerb, nicht jedoch bei der Herstellung von Gebäuden kommt auch eine Aufteilung nach dem Verhältnis der Ertragswerte zur Verkehrswertermittlung in Betracht. Bei zeitlich abwechselnder Nutzung derselben Flächen kann eine Aufteilung nach Nutzungszeiten erforderlich sein, z.B. bei einem Marktplatz oder einer Schulsportanlage. Eine solche Aufteilung käme ggf. auch in Betracht, wenn Beschäftigte an einem Arbeitsplatz sowohl für den unternehmerischen als auch für den nichtwirtschaftlichen Bereich tätig sind.
Die Aufteilung der Vorsteuerbeträge nach dem Gesamtumsatzschlüssel, d.h. dem Verhältnis der vorsteuerschädlichen Umsätze zu den vorsteuerunschädlichen Umsätzen des gesamten Unternehmens, ist nur zulässig, wenn keine andere wirtschaftliche Zurechnung möglich ist.
Bezogene Leistungen, die dem Erhalt, dem Gebrauch oder der Nutzung des Gebäudes dienen, sind vorrangig den jeweiligen Gebäudeteilen zuzuordnen. Nur soweit eine direkte Zurechnung der Aufwendungen nicht möglich ist, erfolgt die Aufteilung der Vorsteuerbeträge nach § 15 Abs. 4 UStG.
Dem folgt der Entwurf des BMF-Schreibens. Für teilweise nichtwirtschaftlich i.e.S. genutzte Grundstücke soll vorrangig ein sachgerechter Schlüssel nach den üblichen Voraussetzungen ermittelt werden. Mindestens eine Aufteilung nach der Fläche oder dem umbauten Raum sollte regelmäßig möglich sein. Kann kein sachgerechter Schlüssel gefunden werden, sind die Vorsteuern, die aus der Anschaffung oder Herstellung bzw. der Nutzung, Erhaltung und Unterhaltung eines Grundstücks herrühren, nach der Methode zu ermitteln, die die jPöR auch ansonsten zur Aufteilung ihrer Vorsteuer-Beträge anwendet, also regelmäßig nach dem Einnahmenschlüssel als Äquivalent zum unternehmensbezogenen Umsatzschlüssel.
Sofern die jPöR aus der Vermietung des Gebäudes Einnahmen erzielt, sind diese bei der Berechnung des Einnahmenschlüssels ebenso wie bei der Berechnung eines objektbezogenen Umsatzschlüssels zu berücksichtigen.