Die zentrale Schwierigkeit bei der Anwendung dieser Methode besteht in der Bestimmung der Marge. Diese muss, wenn eine Doppelbesteuerung verhindert werden soll, so erfolgen, dass sie von allen beteiligten Finanzbehörden anerkannt wird. Aus theoretischer Sicht ist die Marge nach Maßgabe des Fremdvergleichsgrundsatzes zu bestimmen. Folglich ist die Marge zu verwenden, die von einem ordentlichen und gewissenhaften Geschäftsleiter bei einem vergleichbaren Geschäft mit einem – ebenfalls von einem ordentlichen und gewissenhaften Geschäftsleiter geführten – fremden Dritten vereinbart worden wäre. Insoweit wird über die Marge der Bezug zum Fremdvergleich hergestellt.
Aus den Ausführungen zur Funktionsanalyse ergibt sich unmittelbar, dass ein Zusammenhang zwischen dem Umfang der ausgeübten Funktionen ("Funktions- und Risikoanalyse") und der Höhe der Marge bestehen muss. Ein ordentlicher und gewissenhafter Geschäftsleiter ist nicht dazu bereit, erhebliche (zusätzliche) Funktionsbeiträge zu leisten, wenn er hierfür nicht ein höheres Gewinnpotenzial zugewiesen bekommt.
Die Marge kann sowohl auf der Grundlage des tatsächlichen als auch des hypothetischen Fremdvergleichs ermittelt werden. Dabei kommt infolge der größeren Nähe zum Markt dem tatsächlichen Fremdvergleich der Vorrang zu, sofern er eine Herleitung der Marge ermöglicht. Im Rahmen des tatsächlichen Fremdvergleichs kann auf die Grundsätze zum inneren und äußeren Betriebsvergleich zurückgegriffen werden. Insoweit bestehen die allgemeinen Probleme hinsichtlich der Beschaffung von Vergleichswerten wie in anderen Bereichen auch. Bei Anwendung des internen Betriebsvergleichs wird gefragt, wie hoch die Marge ist, die der Stpfl. bei vergleichbaren Geschäften mit fremden Dritten erzielt. Auf dieser Grundlage wird dann – ggf. nach der Durchführung von Anpassungsrechnungen – die konkret anzuwendende Marge bestimmt. Hierbei sind jedoch die Bedingungen zu vergleichen, unter denen die Geschäfte innerhalb des Konzerns und zwischen fremden Dritten abgewickelt werden.
Als zentrales Problem bei diesem Ansatz erweist sich, dass die Vertriebsgesellschaften häufig entweder über keine andere oder zumindest nicht über vergleichbare Produkte verfügen. Folglich sind die Bedingungen, um hieraus eine Marge mit hinreichender Sicherheit herleiten zu können, nicht erfüllt. Selbst wenn andere Produkte angeboten werden, handelt es sich hierbei häufig nur um eine Ergänzung oder Abrundung des Sortiments, um so den Absatz der eigentlichen Hauptprodukte (Konzernprodukte) zu fördern. Insofern bestehen Zweifel an der Vergleichbarkeit.
Die Marge kann auch auf Grundlage eines äußeren Betriebsvergleichs bestimmt werden. Der Vorteil besteht hier darin, dass die betreffende Vertriebsgesellschaft nicht über vergleichbare Produkte in ihrem Sortiment verfügen muss, sondern eine Herleitung auf der Grundlage von Zahlen und Vergleichswerten anderer Vertriebsgesellschaften erfolgen kann.
Grundsätzlich kann die Marge durch einen Rückgriff auf eine marktübliche Spanne ermittelt werden. Das ist jedoch praktisch nur dann möglich, wenn diese durch einen tatsächlichen Fremdvergleichspreis festgelegt werden kann. Wenn auf branchenübliche Spannen zurückgegriffen wird, müssen ergänzend die besonderen Gegebenheiten des Einzelfalls berücksichtigt werden und sich in der Spanne niederschlagen. Dies gilt z. B. für differierende Liefer- und Zahlungskonditionen. Die Isolierung und Eliminierung dieser Unterschiede können sich im Einzelfall als außerordentlich schwierig, wenn nicht gar als unmöglich erweisen, ohne so große Schätzungen vornehmen zu müssen, dass dadurch das Ergebnis unbrauchbar wird. Denkbar ist es auch, zur Bestimmung der Marge auf Datenbankanalysen abzustellen ("Datenbankanalyse"). Außerdem besteht die Möglichkeit, die Marge auf der Grundlage des hypothetischen Fremdvergleichs ("Fremdvergleich (hypothetischer")) herzuleiten.