Tatbestand
I.
Der Kläger ist ein eingetragener Verein, dessen Vereinszweck lt. Artikel 2 der Satzung vom 1. Mai 1981 – unter Ausschluß jeden eigenwirtschaftlichen Geschäftsbetriebes und der Verfolgung politischer Ziele – in der Wahrnehmung und Förderung der gemeinsamen ideellen und wirtschaftlichen sowie … seiner Mitglieder der Förderung des …
Für die Jahre 1989 bis 1991 war bereits die Frage aufgeworfen worden, ob der Kläger überhaupt einen Berufsverband darstelle, da entsprechend der BFH-Entscheidung BStBl II 1973, 39 dann kein Berufsverband vorliegt, wenn der Hauptzweck eines Vereins in einer Tätigkeit für seine Mitglieder im Rahmen eines wirtschaftliche Geschäftsbetriebes liegt; ist der Hauptzweck aber ein wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb, so stellt der gesamte Verein einen steuerpflichtigen Wirtschaftsverein dar. Die Streitfrage konnte in den Jahren 1989 bis 1991 nicht geklärt werden.
1. Körperschaftsteuer 1992
a) Am 18. Oktober 1994 reichte der Kläger die Körperschaftsteuererklärung 1992 ein, in der er einen Steuerbilanzgewinn in Höhe von … DM erklärte. Dieser Gewinn ergab sich aus der beigefügten Einnahme-Überschuß-Rechnung für den wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb. Dieser enthielt des weiteren … Zuschüsse an Mitglieder in Höhe von … DM als Betriebsausgaben. Ausweislich der Einnahme-Überschuß-Rechnung für den ideellen Bereich belief sich der Überschuß für 1992 auf … DM.
Im Körperschaftsteuerbescheid 1992 vom 10. März 1995 ermittelte der Beklagte die Einkünfte aus Gewerbebetrieb in Höhe von … DM. Dabei ging er – wegen der vorgenannten ungeklärten Rechtslage – sowohl vom Gewinn des ideellen Bereiches in Höhe von … DM als auch vom Gewinn des sonstigen wirtschaftlichen Geschäftsbetriebes in Höhe von … DM als Gesamtgewinn des Kläger als steuerpflichtigen Wirtschaftsverein aus. Ferner sah der Beklagte die Weitergabe der … Zuschüsse durch den Kläger an seine Mitglieder in Höhe von … DM nicht als Betriebsausgaben, sondern als Gewinnverwendung an und erhöhte den steuerlichen Gewinn um diesen Betrag als verdeckte Gewinnausschüttung gemäß § 8 Abs. 3 Satz 2 KStG. Der Steuerbescheid erging nach § 165 Abs. 1 Abgabenordnung (AO) im Hinblick auf die Anhängigkeit von Verfassungsbeschwerden bzw. Revisionsverfahren teilweise vorläufig hinsichtlich der Festsetzung des Solidaritätszuschlages. Die Körperschaftsteuer 1992 wurde auf … DM festgesetzt.
b) Gegen diesen Körperschaftsteuerbescheid 1992 vom 10. März 1995 legte der Kläger mit Schreiben vom 13. April 1995 Einspruch ein und wandte sich zum einen gegen die Versteuerung es Gewinnanteils aus dem ideellen Bereich in Höhe von … DM und damit gegen die Behandlung des Gesamtverbandes als wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb; der Kläger meinte, die unstreitig einen wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb darstellende Abwicklung der … zuschüsse werde auf separaten Konten verbucht und die Gelder würden über ein separates Bankkonto geleitet. Insofern würden die Sphären „ideeller Verein” und „wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb” völlig getrennt.
Zum anderen wandte sich der Kläger mit seinem Einspruch gegen die Behandlung der … Zuschüsse an die Mitglieder in Höhe von … DM als verdeckte Gewinnausschüttung gemäß § 8 Abs. 3 Satz 2 KStG; als Begründung führt der Kläger an, die … zuschüsse der XY-gesellschaften seien aufgrund vertraglicher Abmachungen vereinnahmt und nach erfolgter Beschlußfassung des Vorstandes an die Mitglieder weitergegeben worden, die an … teilgenommen hätten. Der Aufforderung des Finanzamts, diese weitergegebenen Zuschüsse in der Buchführung der Mitglieder erfolgswirksam zu behandeln, sei Genüge getan worden. Es handele sich um eine direkte Kostenerstattung der XY-gesellschaften an die … mit dem Kläger als zwischengeschalteten Zahlstelle. Anderenfalls würde der Kläger für einen Vorgang mit Körperschaftsteuer belastet, für den bereits seine Mitglieder Einkommen-/oder Körperschaftsteuer gezahlt hätten.
Am 27.6.1995 fand eine Besprechung beim Beklagten statt. Gegenstand der Besprechung war die Rechtsstellung des Klägers gegenüber den XY-gesellschaften A. (…) und B. (…) Der Kläger teilte dabei mit, beide XY bestünden seit Jahrzehnten und seien eigenständige Finnen. Die … der jeweiligen …, die auch Mitglieder des Klägers seien, erhielten von den XY-gesellschaften einen 20 %igen Rabatt auf ihre … kosten. Diese Rabattregelung sei von anderen … angegriffen worden. Daraufhin sei der Trägerschaftsvertrag vom 3.7.1979 zwischen den XY-gesellschaften und dem Kläger geändert und aufgehoben worden. Die XY-gesellschaften zahlten nunmehr den Rabatt verschleiert an den Kläger, der diesen nach Abzug eigener Verwaltungskosten an die jeweiligen Betroffenen weiterleite. Listen über die Höhe der einzelnen Rabattzahlungen seien von den XY-gesellschaften erstellt und an den Kläger weitergeleitet worden Auf die tatsächliche Geschäftsführung der beiden XY-gesellschaften habe der Kläger keinen Einfluß.
Die XY-gesellschaften seien außerdem kooperative Mitglieder des Klägers geworden. Die Beitragszahlung erfolg...