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Den Nachweis der der Satzung entsprechenden Geschäftsführung hat die Körperschaft durch ordnungsmäßige Aufzeichnungen über ihre Einnahmen und Ausgaben zu führen. Die Körperschaft trägt die objektive Beweislast (Feststellungslast) für die Voraussetzungen der Steuerbefreiung. Die vorläufige Anerkennung der Körperschaft durch das FA führt nicht zu einer Umkehr der Feststellungslast. Zweck der Vorschrift ist, eine Überprüfung der Einnahmen und Ausgaben, und damit der tatsächlichen Geschäftsführung, zu ermöglichen. Eine bestimmte Form der Rechnungslegung ist nicht vorgeschrieben; gemeinnützige Körperschaften sind zur kaufmännischen Buchführung nur verpflichtet, wenn sie aufgrund ihrer Rechtsform als Kapitalgesellschaft oder wegen des Umfangs ihrer wirtschaftlichen Betätigung den Buchführungs- und Aufzeichnungspflichten der §§ 140, 141 AO unterliegen. Von der Verpflichtung nach § 63 Abs. 3 AO unberührt bleiben die Verpflichtungen aus speziellen Buchführungsvorschriften. Im Hinblick auf Spendeneinnahmen unterliegen gemeinnützige Körperschaften der Pflicht, die Vereinnahmung der Spende und ihre zweckentsprechende Verwendung ordnungsgemäß aufzuzeichnen; ausgestellte Zuwendungsbestätigungen sind in Kopie zu archivieren. Bei Sachzuwendungen und beim Verzicht auf die Erstattung von Aufwand müssen sich aus den Aufzeichnungen auch die Grundlagen für den von der Körperschaft bestätigten Wert der Zuwendung ergeben.
Verfolgt die Körperschaft mildtätige Zwecke, hat sie zudem geeignete Aufzeichnungen darüber zu führen, dass die personenkreisbezogenen Voraussetzungen der persönlichen oder wirtschaftlichen Hilfsbedürftigkeit erfüllt sind.
Bei Verfolgung der eigenen steuerbegünstigten Zwecke im Ausland hat die Körperschaft den Nachweis, dass ihre tatsächliche Geschäftsführung den Erfordernissen des § 63 Abs. 1 AO entspricht, unter Beachtung der Mitwirkungspflichten nach § 90 Abs. 2 AO zu führen. Als Nachweise der satzungsgemäßen Mittelverwendung im Ausland können im Zusammenhang mit der Mittelverwendung beispielsweise abgeschlossene Verträge, Belege über den Abfluss der Mittel ins Ausland und Quittungen der dortigen Zahlungsempfänger über den Erhalt, ausführliche Tätigkeitsbeschreibungen der im Ausland entfalteten Aktivitäten, Wirtschaftsprüferbestätigungen oder Zuwendungsbescheide ausländischer Behörden dienen.
Bei der Anforderung von Nachweisen ist von der Finanzverwaltung der Grundsatz der Verhältnismäßigkeit zu beachten.