Vorsorge ist zu treffen, dass in den Fällen, in denen keine Freistellungsbescheinigung vorliegt bzw. die Freistellungsbescheinigung widerrufen wurde, die Bauabzugsteuer einbehalten wird.
In der Betriebsorganisation ist deshalb sicherzustellen, dass bei der Bezahlung von Bauleistungen bekannt ist, ob eine Freistellungsbescheinigung vorgelegt wurde und deshalb auf den Einbehalt der Bauabzugsteuer verzichtet werden kann.
Wichtig ist, dass klare Verantwortlichkeiten für die Einholung und Kontrolle der Freistellungsbescheinigungen geschaffen werden. Grundsätzlich kann die Verantwortlichkeit hierfür in der technischen Abteilung angesiedelt werden, die dann im Rahmen der Rechnungsprüfung und -freigabe dem Rechnungswesen mitteilt, dass eine Freistellungsbescheinigung vorliegt und deshalb keine Bauabzugsteuer einzubehalten ist. Die Dokumentation könnte z.B. in der Weise erfolgen, dass auf den Stempeln bzw. Rechnungsbegleitzetteln über die rechnerische und sachliche Prüfung der Baurechnungen vermerkt wird, dass die Bauabzugsteuer nicht einzubehalten ist.
Die Verantwortlichkeit für die Freistellungsbescheinigungen kann auch im Rechnungswesen angesiedelt werden, da hier die Zahlung erfolgt und dabei ggf. der Einbehalt der Bauabzugsteuer vorzunehmen ist. Hier müsste dann bei jeder Zahlung geprüft werden, ob eine Freistellungsbescheinigung vorliegt. Wird ein neuer Auftragnehmer beschäftigt, hat dies aber den Nachteil, dass man ggf. erst bei Zahlung feststellt, dass keine Freistellungsbescheinigung vorliegt. Insofern sind klare Anweisungen an die technische Abteilung zu erteilen, dass bei der Beauftragung eines neuen Auftragnehmers von vornherein eine Freistellungsbescheinigung zwingend anzufordern ist.
Der Leistungsempfänger ist verpflichtet, die Freistellungsbescheinigung zu überprüfen. Diese muss nicht nur den Namen, die Anschrift und die Steuernummer des Leistenden enthalten, sondern auch mit einem Dienstsiegel versehen sein und eine Sicherheitsnummer tragen. Bei Vorlage einer Kopie müssen alle Angaben auf der Freistellungsbescheinigung lesbar sein. Eine Verpflichtung zur regelmäßigen Prüfung der Freistellungsbescheinigung besteht nach Auffassung der Finanzverwaltung allerdings nicht. D. h., der Leistungsempfänger ist nicht verpflichtet, sich vor jeder Zahlung aufs Neue zu vergewissern, ob die Freistellungsbescheinigung zwischenzeitlich widerrufen wurde. Gleichwohl bietet das Bundeszentralamt für Steuern eine Möglichkeit, im Wege einer elektronischen Abfrage die Gültigkeit einer Freistellungsbescheinigung zu überprüfen.