Die Arbeit der Gesundheitszirkel kann in verschiedene Phasen eingeteilt werden:
Phase 1: Vor Beginn
Entscheidend für Akzeptanz und Gelingen der Zirkel-Arbeit ist es, frühzeitig alle direkt und indirekt Beteiligten zu informieren und das grundsätzliche Einverständnis des Unternehmens für die Umsetzung von Vorschlägen einzuholen. So werden häufig Mitarbeiter des ausgewählten Bereichs per Fragebogen zu den Arbeitsanforderungen und gesundheitlichen Beschwerden befragt.
Phase 2: Durchführung des Gesundheits-Zirkels
In der ersten Sitzung informiert der Moderator über Ziele und Vorgehensweisen von Gesundheits-Zirkeln. Er stellt außerdem z. B. die Ergebnisse des Gesundheitsberichtes, der Mitarbeiter-Befragung oder andere relevante Daten vor.
In den ersten der meist 5–10 Sitzungen in Abständen von 2–3 Wochen geht es darum, Arbeitsanforderungen zu analysieren, die die Gesundheit beeinträchtigen. Danach werden Verbesserungsvorschläge entwickelt und nach Wichtigkeit der Umsetzung und geschätzten Kosten in eine Rangfolge gebracht. I. d. R. "produzieren" Gesundheitszirkel 30–50 Verbesserungsvorschläge. Ausgesprochen wichtig ist die interne Öffentlichkeitsarbeit. Von jeder Sitzung wird ein Protokoll für die Beteiligten erstellt. Alle Beschäftigten des Arbeitsbereichs erhalten eine Zusammenfassung und werden gebeten, Meinungen und Ideen an den Zirkel weiterzugeben.
Phase 3: Umsetzung der Verbesserungsvorschläge
Aus motivatorischen Gründen ist es günstig, dass die ersten Verbesserungen schon während der Zirkel-Laufzeit erfolgen oder kurz nach deren Ende. Erfahrungsgemäß besteht bei den Beteiligten eine relativ kurzfristige Umsetzungserwartung. In verschiedenen Untersuchungen ergab sich eine erfreulich hohe Umsetzungsrate. Ein halbes Jahr später waren i. d. R. 50 % der Vorschläge schon umgesetzt oder in Angriff genommen, unabhängig davon wie kostenintensiv sie waren!
Phase 4: Auswertung und Präsentationen
Bei den Zirkel-Beteiligten und den anderen Beschäftigten des Arbeitsbereichs wird die Zufriedenheit mit den Ergebnissen und mit der Arbeit erfragt. Bei Untersuchungen konnte eine hohe Zufriedenheit festgestellt werden. Um Transparenz zu gewährleisten und Akzeptanzprobleme zu vermeiden, sollten die (Zwischen-) Ergebnisse vorgestellt werden. In jedem Fall sollten eine Abschluss-Präsentation im Zirkelbereich sowie 1–2 Präsentationen vor der innerbetrieblichen Steuerungsgruppe stattfinden.
Da Gesundheitszirkel-Aktivitäten Maßnahmen der Organisations-Entwicklung darstellen, müssen diese eingebunden sein in die allgemeine Organisationsentwicklung und in die übrigen Aktivitäten des Arbeitsschutzes, in die betriebliche Gesundheitsförderung oder in ein ganzheitliches betriebliches Gesundheitsmanagement.