Die Fragen, die im Rahmen von übrigen Unternehmen – regelmäßig solchen, die Beteiligungen an Schiffsgesellschaften halten und für diese Gesellschaften Dienstleistungen erbringen – aus dem Bereich der maritimen Wirtschaft im Rahmen der Betriebsprüfung regelmäßig aufgeworfen werden, resultieren im Wesentlichen aus zwei Bereichen:
Zum einen stammen die Einkünfte solcher Gesellschaften regelmäßig teilweise aus Unternehmen, die eine Gewinnermittlung nach § 5a EStG vornehmen. Da die Dienstleistungsgesellschaften, hier verkürzter als Bereederungsgesellschaft bezeichnet, regelmäßig an der Schifffahrtsgesellschaft beteiligt ist, sind die Einnahmen und Ausgaben im Zusammenhang mit diesen Beteiligungen dem Bereich des Sonderbetriebsvermögens zuzurechnen. Dies führt dazu, dass Aufstellungen zu fertigen sind, in denen Einnahmen und Ausgaben der Bereederungsgesellschaft den Schifffahrtsgesellschaften bzw. dem "Eigenbetrieb" der Bereederungsgesellschaft zuzuordnen sind. Die Finanzverwaltung tendiert hierbei dazu, Ausgaben auf die unter § 5a EStG fallenden Beteiligungen zu fassen und Einnahmen dem voll steuerpflichtigen Eigenbetrieb zuzuordnen. Diskussionen sind im diesem Bereich gang und gäbe. Weiterhin ist strittig, in welchem Umfang aus dem Bereich des Sonderbetriebsvermögens auch Verluste resultieren können.
Der zweite wesentliche Prüfungsschwerpunkt bei Bereederungsgesellschaften resultiert aus der weitgehenden Internationalisierung des Geschäfts. Viele Reedereien, auch solche des größeren Mittelstands, haben Konzerngesellschaften, die über die gesamte Welt verteilt sind und verschiedene Dienstleistungen für Konzernunternehmen und Dritte erbringen. Da diese Gesellschaften oftmals in Ländern lokalisiert sind, die durch die Finanzverwaltung als Steueroasen angesehen werden (Zypern, Malta, Isle of Man, Singapur, Hongkong etc.) treten vielfältige Rechtsfragen aus dem Bereich des internationalen Steuerrechts auf. Dabei werden etwa – ohne dass die Aufzählung abschließend wäre – folgende Fragen aufgeworfen:
- Die ausländischen Gesellschaften werden als sog. Domizil- oder Oasengesellschaften bezeichnet, sodass insofern § 42 AO zur Anwendung kommen kann.
- Die Finanzverwaltung behauptet, der tatsächliche Ort der Geschäftsleitung sei in Deutschland, so dass in Deutschland eine unbeschränkte Steuerpflicht bestünde.
- Die konzerninternen Verrechnungspreise werden hinterfragt; dies betrifft insbesondere die Vergütung für Dienstleistungen, aber auch die Zinssätze im Rahmen eines konzerninternen Cashpoolings oder einer Darlehensgewährung.
- Schließlich prüft die Finanzverwaltung in einem zunehmendem Maße die Anwendung der Hinzurechnungsbesteuerung nach §§ 7 ff. AStG. Dabei ergeben sich Fragen oftmals aus der Anwendung der Hinzurechnungstatbestände nach § 7 Abs. 6a AStG (Zwischeneinkünfte mit Kapitalanlagecharakter), nach § 8 Abs. 1 Nr. 5 (Dienstleistungen) sowie § 8 Abs. 1 Nr. 6 (Vermietung und Verpachtung). Darüber hinaus stellen sich bei Zwischengesellschaften in der EU (im Bereich der maritimen Wirtschaft sind vor allem Gesellschaften auf Zypern oder Malta betroffen), regelmäßig Fragen nach der Anwendung des § 8 Abs. 2 AStG, der einen Gegenbeweis in der Weise ermöglicht, dass keine Hinzurechnungsbesteuerung erfolgt, wenn die EU-Gesellschaft einer tatsächlichen wirtschaftlichen Tätigkeit im Ansässigekeitsstaat nachgeht.