Das Thema Landwirtschaft ist äußerst vielfältig. Zunächst muss geklärt werden, um welche Betriebsart es sich handelt: Anbau-, Tier- oder Mischbetrieb. Dann muss eine Zuordnung zu reiner "Saisonware" wie Spargel, Erdbeeren, Weihnachtsbäume, sonstiger Anbau, Tierzucht, -haltung, Fleisch- oder Milcherzeugung, Mischbetrieb, Biobetrieb etc. erfolgen.

Einkommensteuer, Umsatzsteuer

Die Besteuerung der Landwirtschaft unterliegt in Deutschland seit jeher besonderen Regelungen sowohl in der Einkommensteuer (u. U. Pauschalbesteuerung)[1] als auch bei der Umsatzsteuer (besondere Steuersätze).[2] Diese besonderen Regelungen gilt es zu beachten.

Abgrenzung

Da Einkünfte aus Land- und Forstwirtschaft[3] nicht der Gewerbesteuer unterliegen, wird auch die Klassifizierung der Einkünfte geprüft. Maßgebend sind hier Flächen, Umsätze bzw. die Frage ob ein "gewerbliches" Geschäftsfeld als separater Gewerbebetrieb gelten kann oder gilt bzw. in der Landwirtschaft verbleibt und unschädlich hinsichtlich der Einstufung als Einkünfte aus Land- und Forstwirtschaft ist (z. B. Direktverkauf, Photovoltaik, Biogasanlagen, Windkraft).

Subventionen

Prüfungsthema werden auch die vielfältigen Subventionen sein. Der Außenprüfer schließt hier von der Menge im Antrag auf Umsatzgrößen. Außerdem wird geprüft, ob die Subventionen in den erklärtem Einnahmen enthalten sind.

Kontrollsystem

Nach diversen Pannen sind in der Europäischen Union die Überwachungen beim Tierbestand immer weiter ausgebaut worden. Auch diese Unterlagen sind für die Besteuerung maßgebend.

Preissystem

Für bestimmte Warengruppen sind Preise vorgeschrieben. Hier wird die Außenprüfung bei der Umsatzverprobung auf das Verhältnis Großabnehmer (mit Preisbindung) und Direktverkauf (ohne Preisbindung) achten.

Verprobungsmethode

Wie bereits genannt kann als Verprobung eine Abstimmung von EU- und sonstigen Meldungen mit dem steuerlich erklärten Betriebsergebnis erfolgen.

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