Da sich die Strategie aus dem Leitbild des Unternehmens und die strategischen Ziele aus dieser Strategie entwickeln, ist das strategische Controlling naturbedingt langfristiger und qualitativer ausgerichtet, als das operative Controlling, das sich eher auf einen kurz- bis mittelfristigen Zeitraum fokussiert. Während der Blick des strategischen Controllings daher auf das Umfeld und dessen Zusammenspiel mit dem Unternehmen gerichtet ist, blickt das operative Controlling mehr in das Unternehmen hinein. Operatives Controlling beschäftigt sich primär mit Finanzkenngrößen wie Umsatz, Kosten und Ergebnis, während das strategische Controlling Größen wie Stärken, Schwächen, Chancen und Risiken in den Vordergrund rückt. Die Daten- und Informationsquellen für die strategischen Controllinginstrumente stammen zu einem großen Teil von außerhalb des Unternehmens (Benchmark, Marktwachstum, Gesetzgebung etc.), die des operativen Controllings fast ausschließlich aus dem Unternehmen selbst.

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