Eine weitere Sonderregelung gilt für die Nachzahlung bzw. Vorauszahlung von Arbeitslohn. Auch hier ist für die Frage der einzubehaltenden Lohnsteuer zunächst die Zurechnung zu den laufenden oder sonstigen Bezügen vorzunehmen. Keine Schwierigkeiten ergeben sich, falls es sich um die Nachzahlung bzw. Vorauszahlung von einmaligen Zuwendungen handelt. Hier bleibt der Charakter des sonstigen Bezugs unberührt. Anders verhält es sich, wenn die nachträgliche bzw. vorzeitige Zahlung den laufenden Arbeitslohn betrifft. Die Zuordnung ist danach vorzunehmen, auf welche Lohnzahlungszeiträume sich die laufenden Bezüge beziehen.
Betrifft die Nachzahlung ausschließlich Lohnzahlungszeiträume, die im Kalenderjahr ihrer Zahlung enden, bleibt der ursprüngliche Charakter der Lohnzahlung erhalten. Es ist von laufendem Arbeitslohn auszugehen. Dasselbe gilt, wenn die Nachzahlung zwar Lohnzahlungszeiträume des abgelaufenen Kalenderjahres betrifft, aber noch innerhalb der ersten 3 Wochen des neuen Kalenderjahres zufließt. Dagegen liegt unabhängig vom Zahlungsgrund in der Nachzahlung von laufendem Arbeitslohn insgesamt ein sonstiger Bezug, falls ihr Gesamtbetrag oder ein Teilbetrag davon für Lohnzahlungszeiträume erfolgt, die in einem anderen Jahr als dem der Zahlung enden, und der Zufluss erst nach Ablauf der 3-Wochenfrist im neuen Jahr erfolgt. Dasselbe gilt für Vorauszahlungen.
Die besondere Zuordnungsregelung für laufenden Arbeitslohn, der nachgezahlt oder vorausgezahlt wird, ist abzugstechnisch begründet, weil das am Lohnzahlungszeitraum orientierte Berechnungsverfahren dem Grundsatz nach eine Steuerneuberechnung nur während des Jahres zulässt, nicht aber z. B. nach Ablauf des Kalenderjahres, für das die Zahlung erfolgte.
Die für die Zuordnung einer Nachzahlung zum laufenden Arbeitslohn oder zu den sonstigen Bezügen dargestellten Grundsätze gelten nicht für Nachzahlungen, wenn der Arbeitnehmer bereits aus dem Beschäftigungsverhältnis ausgeschieden ist und dem bisherigen Arbeitgeber der Zugriff auf die ELStAM für den Hauptarbeitgeber nicht mehr möglich ist. Die Nachzahlung ist nach den für Einmalzahlungen geltenden Regeln nach der Steuerklasse VI zu versteuern, auch wenn sie ausschließlich Lohnzahlungszeiträume im Jahr der Beendigung des Dienstverhältnisses betrifft. Im ELStAM-Datenpool sind für den Arbeitgeber in diesen Fällen ausschließlich die Lohnsteuerabzugsmerkmale für ein weiteres Dienstverhältnis abrufbar.