Die Übertragung eines Gebäudes, das im Unternehmen gehalten wird, stellt bei Belegenheit des Grundstücks im Inland eine steuerbare Lieferung dar. Diese ist allerdings steuerfrei, soweit der Vorgang unter das Grunderwerbsteuergesetz fällt. Auch die Veräußerung eines Grundstücks bei dessen gleichzeitiger Bebauung, Sanierung oder sonstiger Veränderung ist ein steuerfreier Umsatz.
Erfolgt die Veräußerung an einen anderen Unternehmer für dessen Unternehmen, ist die Option zur Steuerpflicht nach § 9 Abs. 1 UStG möglich. Bei der Option für Grundstückveräußerungen, die nach § 4 Nr. 9a UStG steuerfrei sind, gelten die Einschränkungen nach § 9 Abs. 2 UStG im Übrigen nicht. Jedoch ist die Option nach § 9 Abs. 3 UStG im nach § 311b BGB notariell zu beurkundenden Vertrag zu erklären.
Hat der Unternehmer auf die Steuerbefreiung nach § 4 Nr. 9a UStG verzichtet, schuldet der Erwerber bzw. Leistungsempfänger die Umsatzsteuer im sog. Reverse-Charge-Verfahren.
Auch die unentgeltliche Lieferung durch Entnahme eines Grundstücks nach § 3 Abs. 1b Nr. 1 UStG aus dem Unternehmen ist nach § 4 Nr. 9 Buchst. a UStG steuerfrei, da die unentgeltliche Wertabgabe nach § 3 Abs. 1b Nr. 1 UStG einer Lieferung gegen Entgelt gleichgestellt ist.
Erfolgt die Veräußerung (oder einer dieser gleichgestellten Entnahme aus dem Unternehmen) innerhalb des 10-Jahreszeitraums des § 15a UStG, kann dadurch eine Vorsteuerberichtigung nach § 15a UStG beim Veräußerer eintreten. Eine Änderung der Verhältnisse liegt vor, wenn der Veräußerungsumsatz anders zu beurteilen ist als die für den ursprünglichen Vorsteuerabzug maßgebliche Verwendung. Durch die Option zu Steuerpflicht nach § 9 Abs. 1 UStG kann ggf. eine Vorsteuerberichtigung nach § 15a UStG vermieden werden.
Die Veräußerung eines vermieteten Gebäudes, d. h. eines Vermietungsunternehmens, kann eine nicht steuerbare Geschäftsveräußerung im Ganzen darstellen, wenn ein Unternehmen oder ein in der Gliederung eines Unternehmens gesondert geführter Betrieb im Ganzen entgeltlich oder unentgeltlich übertragen wird, mit dem der Erwerber eine selbständige wirtschaftliche Tätigkeit fortführen kann und will. Der Erwerber des vermieteten Gebäudes (Vermietungsunternehmens) muss daher die unternehmerische (Vermietungs-)Tätigkeit fortsetzen oder zumindest beabsichtigen, diese fortzusetzen. Im Fall einer Geschäftsveräußerung im Ganzen tritt beim Veräußerer keine Vorsteuerberichtigung nach § 15a UStG ein.