Die Beurteilung des IKS eines Unternehmens stellt einen wichtigen Schritt innerhalb der betrieblichen Abschlussprüfung dar. Je ausgeprägter und funktionstüchtiger das IKS eines Unternehmens ist, umso mehr kann sich ein Abschlussprüfer auf dessen Ergebnisse und Ordnungsmäßigkeit der angewendeten Verfahren verlassen. Der Abschlussprüfer muss sich bereits im Rahmen der Prüfungsplanung einen Überblick über das zu prüfende Unternehmen verschaffen. Dies umfasst u. a. den Umgang des Managements mit den Geschäftsrisiken und die Organisation der Geschäftsprozesse im Unternehmen und insbesondere den Überblick über das IKS.
Für die Risikobeurteilung der Abschlussprüfung erfolgt zu Beginn der Prüfung eine Beurteilung des IKS durch den Wirtschaftsprüfer. Dies kann durch Prozessaufnahmen, Rückfragen, Beobachtungen sowie Stichproben geschehen. Auf Basis der hierbei gewonnenen Erkenntnisse wählt ein Abschlussprüfer den inhaltlichen Umfang seiner substanziellen Prüfungshandlungen sowie Schwerpunkte der Prüfungstätigkeit aus. Der Überblick über das IKS ist erforderlich, um die verschiedenen Arten wesentlicher Fehler feststellen zu können, die in der Rechnungslegung auftreten können. Der Umfang der für den Überblick erforderlichen Kenntnisse des Abschlussprüfers über das IKS hängt auch ab von den bisherigen Erfahrungen des Abschlussprüfers mit dem Unternehmen.
Die Prüfung des Aufbaus des IKS erstreckt sich vor allem auf jene Regelungen, die die Ordnungsmäßigkeit und Verlässlichkeit der Rechnungslegung, den Fortbestand des Unternehmens sowie den Schutz des vorhandenen Vermögens einschließlich der Verhinderung oder Aufdeckung von Vermögensschädigungen sicherstellen sollen.
Insbesondere ist auf solche Bereiche zu achten, bei denen Schwächen im IKS vermutet werden. Falls sich die Vermutungen bestätigen sollten, muss der Prüfer nach Abschluss seiner Tätigkeiten die Unternehmensleitung auf die vorgefundenen Schwächen hinweisen. Das Prüfungsergebnis kann so für die kommenden Jahre verbessert werden.
Zu den originären prüfungsrelevanten Bestandteilen des IKS gehören das Rechnungslegungssystem einschließlich des Buchführungssystems und ggf. das Risikofrüherkennungssystem. Der Abschlussprüfer hat das Rechnungslegungssystem daraufhin zu beurteilen, ob es den gesetzlichen Anforderungen entspricht, um die nach § 322 Abs. 1 Satz 1 HGB i. V. m. § 317 Abs. 1 Satz 1 HGB und § 321 Abs. 2 Satz 3 HGB geforderten Prüfungsaussagen über die Ordnungsmäßigkeit der Buchführung treffen zu können.
Gem. § 317 Abs. 4a HGB, hat sich, soweit nichts anderes bestimmt ist, die Prüfung nicht darauf zu erstrecken, ob der Fortbestand des geprüften Unternehmens oder die Wirksamkeit und Wirtschaftlichkeit der Geschäftsführung (= Wirksamkeit des IKS des geprüften Unternehmens) zugesichert werden kann. Nach IDW PS 400 n. F. (Stand: 29.10.2021) bestätigt der Wirtschaftsprüfer nur noch, ein "Verständnis" vom IKS gewonnen zu haben. Die Abgabe eines Prüfungsurteils schließt er aus.