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Die EUStBV trat zum 1.1.1993 mit Verwirklichung des Binnenmarkts in Kraft. Wichtigste Neuerung war die Herausnahme sämtlicher EUStBefreiungen, die aufgrund der Einfuhr aus Mitgliedstaaten gewährt worden waren.
Aufgrund des zum 1.1.1994 in Kraft getretenen Zollkodex (ZK) wurden die Vorschriften durch die 1. ÄndVO v. 9.2.1994 an die neue Rechtslage angepasst. Dies betraf die vorübergehende Verwendung in §§ 1 Abs. 2 und 11 EUStBV (nunmehr Art. 137 bis 144 ZK), die Rückwarenregelung in §§ 1 Abs. 2 a und 12 EUStBV (nunmehr Art. 185 bis 187 ZK) und Erstattung/Erlass in § 14 EUStBV (dann Art. 235 bis 242 ZK).
Gleichzeitig traten das Zollgesetz (ZG) und die Allgemeine Zollordnung (AZO) außer Kraft und das Zollverwaltungsgesetz (ZollVG) und die Zollverordnung (ZollVO) in Kraft; dadurch wurde die Anpassung in § 1 Abs. 3 EUStBV an die Vorschriften der ZollVO notwendig.
Mit dem Außerkrafttreten des ZG 1961 ist auch der Begriff des deutschen Zollgebiets (§ 2 ZG) weggefallen; insbesondere § 3 EUStBV wurde an den Inlandsbegriff angepasst.
Eine weitere Änderung ergab sich aus der Verordnung zur Änderung der Zollverordnung und anderer Verordnungen (ZollVuaÄndV 2004) v. 22.12.2003. Diese brachte insbesondere die Verweise auf den zum 1.1.2004 in Kraft getretenen ZK in § 1 Abs. 1a, § 2 Nr. 1 und § 11 EUStBV, sowie die Umstellung in § 15 EUStBV von 20 DM auf 10 EUR.
Durch die Verordnung zur Änderung der Zollverordnung und der Einfuhrumsatzsteuer-Befreiungsverordnung 1993 wurde insbesondere § 1a EUStBV (Sendungen von geringem Wert) eingefügt, wonach die Einfuhrumsatzsteuerfreiheit für Sendungen von Waren mit geringem Wert i. S. d. Art. 27 der Verordnung (EWG) Nr. 918/83 auf Waren beschränkt ist, deren Gesamtwert 22 EUR je Sendung nicht übersteigt.
Durch Art. 9 Abs. 4 Gesetz zur Neuorganisation der Zollverwaltung v. 3.12.2015 wurde in § 12a Abs. 2 S. 2 und in § 12b Abs. 2 S. 2 EUStBV jeweils das Wort "Oberfinanzdirektion" durch das Wort "Generalzolldirektion" ersetzt.
Durch das Jahressteuergesetz 2020 wurde die Steuerfreiheit für Sendungen mit einem geringen Wert (22 EUR) gem. § 1a EUStBV i. V. m. Art. 23 und 24 ZollBefrVO ersatzlos gestrichen; der § 1a EUStBV wurde aufgehoben. Diese Streichung resultiert aus der entsprechenden Streichung von Titel IV der MwStSystRL. Aufgrund der Streichung des § 1a EUStBV war es in der Folge erforderlich, den Wortlaut des § 1 Abs. 1 EUStBV zum 1.7.2021 ebenfalls anzupassen. Durch den Wegfall der EUStBefreiung sind erhebliche Mehreinnahmen zu erwarten.
Zur Modernisierung des Zollrechts wurde 2008 zunächst der Modernisierte Zollkodex (MZK) erarbeitet, der jedoch letztlich für nicht anwendbar erklärt wurde und mit Geltung des Unionszollkodex (UZK) aufgehoben worden ist. Der UZK trat am 30.10.2013 in Kraft. Seit dem 1.5.2016 ist er vollständig anwendbar. Er ersetzt das bisherige Zollrecht der Europäischen Gemeinschaft, den Zollkodex und dessen Zollkodex-Durchführungsverordnung. Im UZK finden sich die grundsätzlichen Bestimmungen des Europäischen Zollrechts (Art. 1 UZK).
Ergänzt bzw. konkretisiert wird der UZK durch die Artikel und Anhänge der Durchführungsrechtsakte, der Delegierten Verordnung (UZK-DA) und der Durchführungsverordnung (UZK-IA). Darüber hinaus wurde der Übergangsrechtsakt (UZK-TDA) vom 17.12.2015 geschaffen, um Übergangsmaßnahmen zu etablieren, bis die erforderlichen IT-Systeme entwickelt worden sind.
Die Neuregelung des Europäischen Zollrechts fordert die Anpassung der Rechtsvorschriften hieran. Sowohl das ZollVG und die ZollV als auch die EUStBV, die EF-VO und die KF-VO sind bislang nicht aktualisiert worden.