Unternehmern, die in Deutschland ansässig sind und die für Zwecke der steuerlichen Erfassung im Ausland oder für die Vergütung von Vorsteuerbeträgen in einem Drittstaat eine Bestätigung ihrer Unternehmereigenschaft benötigen, stellt das zuständige Finanzamt auf Antrag eine Bescheinigung nach dem Muster USt 1 TN (sog. Unternehmerbescheinigung) aus. Das gilt auch für Organgesellschaften mit einem im Inland ansässigen Organträger sowie für Organgesellschaften und Zweigniederlassungen im Inland, die zum Unternehmen eines im Ausland ansässigen Unternehmers gehören. Die Bescheinigung darf für Zwecke der Vorlage im Verfahren zur Vergütung von Vorsteuerbeträgen in einem Drittstaat nur Unternehmern erteilt werden, die zum Vorsteuerabzug berechtigt sind. Sie darf für Zwecke des Vorsteuer-Vergütungsverfahrens nicht erteilt werden, wenn der Unternehmer nur steuerfreie Umsätze ausführt, die den Vorsteuerabzug ausschließen, oder die Besteuerung für Kleinunternehmer oder Pauschallandwirte anwendet. Unternehmern, die die Vergütung von Vorsteuerbeträgen in einem anderen Mitgliedstaat beantragen möchten, wird keine Unternehmer-Bescheinigung erteilt. Die Bestätigung der Unternehmereigenschaft erfolgt in diesen Fällen durch das BZSt durch Weiterleitung des Vergütungsantrags an den Mitgliedstaat der Erstattung.
Umsatzsteuerlich geführte Firmen beantragen häufig bei dem für sie zuständigen Finanzamt die Ausstellung einer Bescheinigung, die – sei es formlos, sei es in Form einer sog. Unbedenklichkeitsbescheinigung, sei es als "Nachweis der Eintragung als Steuerpflichtiger (Unternehmer)" für das Vorsteuer-Vergütungsverfahren – bestätigen soll, dass sie Unternehmer i. S. d. § 2 UStG sind. Die Unternehmerbescheinigung wird von den Firmen gegenüber ihren "Vertragspartnern" als Nachweis dafür verwendet, dass es sich bei ihnen nicht um ein Schein- oder Strohmannunternehmen handelt, aus dessen Rechnungen ein Vorsteuerabzug nicht zulässig wäre. Die Ausstellung solcher Unternehmerbescheinigungen erweist sich insbesondere in den Fällen als problematisch, in denen der Rechnungsaussteller die berechnete Leistung – wie es bei "Subunternehmern" in der Baubranche (soweit § 13b UStG keine Anwendung findet) oder bei in Karussellgeschäfte eingebundenen Firmen vorkommt – tatsächlich nicht selbst erbringt oder nur zum Schein bewirkt hat. Die Unternehmerbescheinigung könnte in diesen Fällen der Verschleierung von Umsatzsteuerbetrügereien dienen. Zu den Aufgaben der Finanzämter gehört es nicht, im Rahmen eines Verfahrens zur Erteilung von Unternehmer- oder Unbedenklichkeitsbescheinigungen etwa die Zuverlässigkeit von steuerlich geführten Personen oder ihre tatsächliche Unternehmereigenschaft zu prüfen. Die Ausstellung von Unternehmerbescheinigungen wird von den Finanzämtern daher grundsätzlich abgelehnt, soweit es sich nicht um Bescheinigungen handelt, die für die Durchführung des Vergütungsverfahrens in anderen Staaten zu erteilen sind oder für Zwecke der umsatzsteuerlichen Registrierung im Ausland benötigt werden.