Die Dienstvertragsparteien können jederzeit eine Dienstvereinbarung wieder durch Vertrag aufheben. Hierbei sind dieselben Anforderungen zu beachten wie bei deren Abschluss. Voraussetzung ist somit zunächst ein gemeinsamer Beschluss, d. h. eine übereinstimmende Willenserklärung, es muss die Schriftform bzw. elektronische Form beachtet werden und schließlich muss die Aufhebung einer Dienstvereinbarung bekannt gemacht werden.
Dienstvereinbarungen können zudem gekündigt werden. Obwohl dies im Gesetz, anders wie für Betriebsvereinbarungen in § 77 Abs. 3 BetrVG, nicht ausdrücklich vorgesehen ist, ist es allgemein anerkannt, dass auch Dienstvereinbarungen von beiden Seiten gekündigt werden können.
Soweit eine Kündigungsfrist nicht vereinbart wurde, kann die Kündigung jederzeit ohne Frist erfolgen.
Falls jedoch eine Kündigungsfrist in der Dienstvereinbarung festgelegt wurde, kann nur unter Einhaltung dieser Frist gekündigt werden. Ausnahmsweise ist aber auch in diesen Fällen eine fristlose Kündigung zulässig, und zwar soweit ein wichtiger Grund vorliegt und eine Bindung an die Dienstvereinbarung bis zum Ablauf der Kündigungsfrist nicht zugemutet werden kann.
Auch Teilkündigungen sind, wenn auch nur in eingeschränktem Umfang, möglich. Voraussetzung ist hier, dass eine Teilkündigung entweder ausdrücklich durch Dienstvereinbarung als zulässig erklärt wurde oder es sich um einen selbstständigen, abtrennbaren Teilkomplex handelt.
Eine weitere Möglichkeit, eine Dienstvereinbarung außer Kraft zu setzen, ist, eine neue Dienstvereinbarung über denselben Regelungstatbestand zu treffen. Hier ersetzt die neue Vereinbarung die bisherige, unabhängig, welche Regelung für die Beschäftigten die günstigere ist.
Zudem endet die Wirkung aufgrund der Vorrangwirkung in den Fällen, in denen eine Dienstvereinbarung für einen größeren Bereich geschlossen wird, § 63 Abs. 3 BPersVG.
Ein weiterer Beendigungsgrund aufgrund der §§ 63 Abs. 1 und § 80 Abs. 1 BPersVG ist das Inkrafttreten einer höherrangigen Norm, Gesetz oder Tarifvertrag, die denselben Regelungstatbestand betrifft wie die Dienstvereinbarung selbst, es sei denn, der Tarifvertrag geht davon aus, dass bestehende Dienstvereinbarungen bis zu ihrer Kündigung weitergelten sollen.
Daneben enden befristete Dienstvereinbarungen mit Ablauf der Zeit, für die sie geschlossen wurden.
Weitere Gründe sind der Verlust der Personalratsfähigkeit der Dienststelle oder der dauernde Wegfall der Personalvertretung. Zudem kommt die Auflösung der Dienststelle in Betracht, was insbesondere auch bei deren Eingliederung in eine andere oder Verlust der Selbständigkeit eines nach § 7 BPersVG verselbständigten Dienststellenteils der Fall sein kann. Insoweit erlöschen die jeweiligen Dienstvereinbarungen und es gilt die Dienstvereinbarung der jeweils aufnehmenden Dienststelle.
Nicht beendet wird die Geltung einer Dienstvereinbarung dagegen durch Organisationsveränderungen, insbesondere durch den Wechsel des Rechtsträgers der Dienststelle, soweit die Dienststelle in ihrem Wesen bzw. Aufgabengebiet erhalten bleibt. Dies gilt auch bei Wechsel des Dienststellenleiters oder Neuwahl der Personalvertretung. In diesen Fällen kann jederzeit eine neue Dienstvereinbarung geschlossen oder eine geltende Dienstvereinbarung aufgehoben werden.
Ebenso scheidet eine Anfechtung von Dienstvereinbarungen, z. B. wegen Irrtums, analog §§ 119 ff. BGB aufgrund deren normativen Charakters aus.