Kommt zwischen Dienststelle und Personalrat keine Einigung zustande, so kann der Partner, der die Angelegenheit weiterverfolgen möchte (dies wird in aller Regel die Dienststelle sein), die Sache der übergeordneten Dienststelle, bei der eine Stufenvertretung besteht, vorlegen. Die Vorlage muss innerhalb einer Frist von sechs Arbeitstagen erfolgen. Gibt der Dienststellenleiter die Angelegenheit weiter, so hat er den Personalrat hiervon unter Angabe der Gründe zu unterrichten (vgl. § 69 Abs. 3 BPersVG). In Körperschaften, Anstalten oder Stiftungen des öffentlichen Rechts ist als oberste Dienstbehörde das in ihrer Verfassung für die Geschäftsführung vorgesehene oberste Organ anzurufen.
Nach der Vorlage bestimmt sich das weitere Verfahren bei der übergeordneten Dienststelle wiederum nach § 69 Abs. 2 BPersVG. Die übergeordnete Dienststelle entscheidet zunächst, ob sie das Verfahren weiter betreiben oder es bei der Ablehnung des Personalrats belassen will. Im letzteren Fall ergeht die Anweisung an die nachgeordnete Dienststelle, von der beabsichtigten Maßnahme abzusehen. Möchte sie die Angelegenheit weiter betreiben, versucht sie mit der ihr zugeordneten Stufenvertretung – nicht etwa mit dem Personalrat der nachgeordneten Dienststelle – zu einer Einigung zu gelangen. Diese Einigung kann auch erhebliche Änderungen bei der beabsichtigten Maßnahme beinhalten.
Kommt es auch auf dieser Stufe (regelmäßig zwischen Mittelbehörde und Bezirkspersonalrat) zu keiner Einigung, so kann die Angelegenheit binnen sechs Arbeitstagen der obersten Dienstbehörde vorgelegt werden, die ihrerseits den Hauptpersonalrat einzuschalten hat. Für das Verfahren in der zweiten und dritten Stufe gelten die Verfahrensregeln der ersten Stufe (§ 69 Abs. 2) entsprechend.
Kommt es zu einer Einigung, ist die Angelegenheit damit abgeschlossen. Die beabsichtigte Maßnahme kann durchgeführt werden. Ist der Personalrat der nachgeordneten Dienststelle mit dieser Einigung nicht einverstanden, hat er sich dennoch damit abzufinden. Er hat hiergegen keinerlei Rechtsschutzmöglichkeiten, insbesondere kann er sie nicht – falls die Einigung auf der Mittelstufe stattgefunden hat – der obersten Dienstbehörde vorlegen.
Können auch oberste Dienstbehörde und Hauptpersonalrat keine Einigung erzielen, so kann eine Einigungsstelle angerufen werden (§ 69 Abs. 4 BPersVG). Die Einigungsstelle ist eine von Fall zu Fall neu zu bildende, unabhängige Schiedsstelle; ihre Zusammensetzung regelt § 71 BPersVG. Ihre Entscheidung ist in den Fällen des § 75 BPersVG (volle Mitbestimmung) verbindlich. In den Fällen des § 76 BPersVG (eingeschränkte Mitbestimmung) kann sie nur eine Empfehlung aussprechen; die oberste Dienstbehörde entscheidet endgültig.
Das soeben geschilderte Stufenverfahren gilt für die Verwaltung des Bundes und der Länder. Für andere Körperschaften, Anstalten, Stiftungen des öffentlichen Rechts ist das Verfahren einfacher: Bei fehlender Einigung zwischen Dienststelle und Personalrat kann anstelle der (nicht vorhandenen) übergeordneten Dienststelle das in der Verfassung für die Geschäftsführung vorgesehene oberste Organ angerufen werden. Kommt es zwischen diesem Organ und dem Personalrat zu keiner Einigung, so besteht schon jetzt die Möglichkeit, eine Einigungsstelle anzurufen.