Nicht alle Unternehmensziele sind miteinander vereinbar, es kann zu Zielkonflikten kommen, das heißt wenn Ziel A in hohem Maße erreicht wird, wird Ziel B nicht oder nur in geringem Maße erreicht.
Die beiden folgenden Zielkonflikte werden oft als "klassische" Zielkonflikte der Unternehmensführung beschrieben.
Zielkonflikt zwischen Ökologie und Ökonomie
Umweltschutz kostet Geld. Filteranlagen für Industrieschlote, Sondermülldeponien, alles dies muss von den Unternehmen finanziert werden und wirkt sich negativ auf den Gewinn aus. Auf der anderen Seite sind die Verbraucher kritischer geworden. Ein Unternehmen, das in den Ruf kommt, ein Umweltsünder zu sein, hat mit erheblichen Umsatzeinbußen zu rechnen.
Vor diesem Hintergrund werden heute Ökologie und Ökonomie nicht mehr als entgegen gesetzte Ziele diskutiert. Viele Unternehmen sind bemüht, ihren Umstieg auf umweltschonende Produktionsverfahren bekannt zu machen, um sich mit einem umweltfreundlichen Image zu schmücken. Am Markt werden nur die Unternehmen bestehen, die dem steigenden Umweltbewusstsein der Kunden gerecht werden. In diesem Sinne ist Ökologie Langzeit-Ökonomie!
Zielkonflikt zwischen Ökonomie und sozialen Zielen
Ein soziales Ziel, wie zum Beispiel hohe Löhne und Gehälter, liegt im Zielkonflikt mit dem ökonomischen Ziel der Gewinnmaximierung. Auch die Sicherheit der Arbeitsplätze als soziales Ziel steht ökonomischen Gesichtspunkten entgegen, wenn durch Entlassungen eine höhere Rentabilität erreicht werden kann.
Andererseits beteuern viele Unternehmen, dass ihre Mitarbeiter ihr wichtigstes Kapital sind. Die Motivation und Leistungsbereitschaft der Mitarbeiter werden als entscheidender Erfolgsfaktor gesehen. So versuchen die Unternehmen auch hier, beide Ziele "unter einen Hut" zu bekommen. Durch Personalentwicklungsmaßnahmen werden die Mitarbeiter weitergebildet und für neue Aufgaben qualifiziert. So werden Entlassungen vermieden und die Motivation der Mitarbeiter gefördert.
Die Analyse der Abhängigkeiten, der gegenseitigen Wechselwirkungen und Konflikte zwischen unterschiedlichen Unternehmenszielen ist Bestandteil des Zielfindungsprozesses. Hilfreich ist es in jedem Fall, die Unternehmensziele zu priorisieren – was sind unsere "musts" und was unsere "nice to haves"? –, das heißt, welches Ziel muss unbedingt erreicht werden, um das Unternehmen weiter am Leben zu erhalten und was wäre schön zu erreichen, aber nicht unbedingt notwendig? Letztendlich müssen eventuell auch Ziele verworfen werden, da sie unerreichbar oder zu risikoreich sind.