Wenn eine GmbH ein anderes Unternehmen gründet oder sich zu 100 % an einem anderen Unternehmen beteiligt, handelt es sich um eine Tochtergesellschaft, wobei man auch bei einer Mehrheitsbeteiligung von einer Tochtergesellschaft spricht. Tochtergesellschaften werden meist in der Rechtsform der GmbH gegründet.
Der Geschäftsführer der 100 %igen Tochtergesellschaft wird von dem zuständigen Geschäftsführer der Muttergesellschaft, die die Gesellschafterversammlung bei der Tochtergesellschaft bildet, bestellt. Er alleine handelt im Außenverhältnis rechtsverbindlich für die Gesellschaft. Je nach vertraglicher Ausgestaltung bestimmt sich die Rechtsposition des Geschäftsführers. In der Praxis ist entscheidend, wie die Verhältnisse tatsächlich ausgestaltet sind – ob der Geschäftsführer z. B. ausschließlich zur Umsetzung von Weisungen eingesetzt wird und im Übrigen arbeitnehmerähnliche Tätigkeiten ausübt oder inwieweit er weisungsunabhängige Entscheidungen treffen kann und über das operative Geschäft hinaus für die Tochtergesellschaft tätig wird.
Einziger Gesellschafter der Tochter-GmbH ist die Muttergesellschaft. Das Stimmrecht wird durch die Geschäftsführung der Mutter-GmbH, die die GmbH-Anteile hält, stellvertretend ausgeübt. Diese kann dem Geschäftsführer jederzeit und in allen Angelegenheiten der Tochter-GmbH unmittelbar Weisungen erteilen. Diese sind vom Geschäftsführer auszuführen, soweit sie nicht gegen bestehende gesetzliche Vorschriften oder vertragliche Vereinbarungen (Gesellschaftsvertrag, Treuepflicht) verstoßen. Das Dienstverhältnis des Geschäftsführers kann mit der Tochtergesellschaft selbst oder mit der Muttergesellschaft bestehen, im letzteren Fall spricht man von einer sog. Drittanstellung im Konzern.
Die Zweigniederlassung ist noch stärker in den Geschäftsbetrieb der Obergesellschaft integriert. Sie ist eine selbstständige Abteilung eines Unternehmens mit eigener Geschäftsleitung, eigenem Geschäftsbetrieb und eigener Gewinnermittlung. Sie hat alle Merkmale eines selbstständigen Unternehmens, mit Ausnahme der juristischen Selbstständigkeit.
Die GmbH muss darauf achten, welche Haftungsrisiken sie mit ihrer Beteiligung eingeht. Sie haftet grundsätzlich so, wie der jeweilige Gesellschafter der Zielgesellschaft haftet. So haftet die GmbH bei der Übernahme einer Kommanditbeteiligung in Höhe der für sie im Handelsregister eingetragenen Haftsumme, soweit diese nicht als Einlage in das Gesellschaftsvermögen geleistet wurde. Bei der Übernahme einer Komplementärstellung haftet die GmbH unbeschränkt persönlich. Haftungsrisiken können sich auch nach den Grundsätzen der Konzernhaftung ergeben, etwa wenn mit der Tochtergesellschaft ein Beherrschungs- und/oder Gewinnabführungsvertrag abgeschlossen wird. Soweit die GmbH gegenüber ihrer Tochtergesellschaft Treuepflichten verletzt, können sich auch hieraus haftungsrechtliche Konsequenzen ergeben, ebenso wenn die GmbH z. B. bei einer Tochter-GmbH gegen die Kapitalerhaltungsvorschriften verstößt.