Die Eintragung der für bestimmte Sachverhalte vorgesehenen Großbuchstaben "U", "S", "F", "M" und "FR" ist in Zeile 2 zusammengefasst. Dabei wird zwischen Zeiträumen ohne Lohnanspruch (Großbuchstabe "U") und den übrigen mit Buchstaben gekennzeichneten Sachverhalten unterschieden.
Die Eintragung des Buchstabens "U" dient der Kennzeichnung von Zeiträumen, in denen während der Dauer des Dienstverhältnisses kein Arbeitslohnanspruch bestanden hat. Typische Beispiele sind der Bezug von Krankengeld nach Ablauf der Lohnfortzahlung oder der Bezug von Mutterschaftsgeld. Voraussetzung ist, dass der Lohnanspruch für mindestens 5 aufeinander folgende Arbeitstage unterbrochen ist.
Der Großbuchstabe "S" ist einzutragen, wenn die Lohnsteuer für einen sonstigen Bezug (Einmalzahlung) im ersten Dienstverhältnis nach dem Jahresarbeitslohn berechnet worden ist, der die Lohnbezüge aus einem vorangegangenen Dienstverhältnis im selben Kalenderjahr nicht berücksichtigt. Der Großbuchstabe "S" dient der Durchführung von Pflichtveranlagungen in Fällen des unterjährigen Arbeitgeberwechsels.
Der Großbuchstabe "F" ist für die steuerfreie Sammelbeförderung zu bescheinigen. Die Entfernungspauschale darf nicht für Strecken mit steuerfreier Sammelbeförderung berücksichtigt werden. Der Ansatz der Entfernungspauschale für die arbeitstäglichen Fahrten zwischen Wohnung und Tätigkeitsstätte ist in Fällen der unentgeltlichen bzw. verbilligten Sammelbeförderung durch den Arbeitgeber gesetzlich ausgeschlossen. Das Finanzamt erkennt durch den Großbuchstaben "F" in der Lohnsteuerbescheinigung, ob ein Fall der steuerfreien Sammelbeförderung vorliegt, die den Werbungskostenabzug in der Einkommensteuererklärung ausschließt.
Erhält der Arbeitnehmer während einer beruflichen Auswärtstätigkeit von seinem Arbeitgeber unentgeltliche oder verbilligte Verpflegung, ist in Zeile 2 der Lohnsteuerbescheinigung der Großbuchstabe "M" zu bescheinigen. Dadurch kann das Finanzamt erkennen, ob eine Kürzung der Verpflegungspauschalen bei der Einkommensteuerveranlagung in Betracht kommt. Die neue Aufzeichnungs- und Bescheinigungspflicht gilt unabhängig von der Anzahl der vom Arbeitgeber unentgeltlich bzw. verbilligt dem Arbeitnehmer gewährten (üblichen) Mahlzeiten im Kalenderjahr. Die Anzahl der gewährten Mahlzeiten ist neben des Großbuchstabens "M" nicht zu bescheinigen.
Wegfall der Befreiungungsmöglichkeit von der Bescheinigung des Großbuchstabens "M"
Ab 1.1.2019 ist der Großbuchstabe M im Lohnkonto und in der elektronischen Lohnsteuerbescheinigung zwingend aufzuzeichnen bzw. zu bescheinigen, wenn der Arbeitnehmer im Rahmen einer beruflichen Auswärtstätigkeit vom Arbeitgeber oder auf dessen Veranlassung von einem Dritten im Rahmen der 60-EUR-Grenze unentgeltlich oder verbilligt verpflegt worden ist. Auch Arbeitgeber mit separater Reisekostenabrechnungsstelle, die bisher von der Aufzeichnungs- und Bescheinigungspflicht ausgenommen waren, sind ungeachtet einer bisherigen Befreiung seit 2019 hierzu gesetzlich verpflichtet.
Für französische Grenzgänger, bei denen aufgrund einer Freistellungsbescheinigung kein Lohnsteuerabzug vorzunehmen ist, hat der Arbeitgeber in Zeile 2 der Lohnsteuerbescheinigung die Großbuchstaben "FR" zu bescheinigen. Die Eintragung dient der Durchführung des nach Art. 13a DBA-Frankreich vereinbarten Fiskalausgleichs, den der Ansässigkeitsstaat dem Tätigkeitsstaat zu leisten hat. Die Großbuchstaben "FR" sind um die Ziffern 1, 2 oder 3 zu ergänzen, je nachdem, ob das Grenzgängerarbeitsverhältnis zuletzt in Baden-Württemberg, Rheinland-Pfalz oder im Saarland ausgeübt worden ist. Beschäftigt z. B. ein in Baden-Württemberg ansässiger Arbeitgeber einen Arbeitnehmer, der unter die französische Grenzgängerregelung i. S. d. Art. 13 Abs. 5 DBA/Frankreich fällt, hat er in der auszustellenden Lohnsteuerbescheinigung in Zeile 2 die Eintragung "FR1" vorzunehmen.