In den bisherigen allgemeinen Ausführungen blieben einige Besonderheiten außen vor, die aber im Einzelfall von Gewicht sein können.
8.1 Gewerbliche Einkünfte
Übt eine Personengesellschaft eine gewerbliche Tätigkeit aus, erzielt sie damit Einkünfte aus Gewerbebetrieb und unterliegt auch der Gewerbesteuer. Eine solche Personengesellschaft wird steuerrechtlich als Mitunternehmerschaft bezeichnet. Betätigt sich eine Personengesellschaft daneben auch noch nicht gewerblich, z. B. mit einer freiberuflichen oder vermögensverwaltenden Tätigkeit, werden auch diese Einkünfte zu gewerblichen Einkünften umqualifiziert (§ 15 Abs. 3 Nr. 1 EStG). Nur wenn die Aktivitäten einer Personengesellschaft ausschließlich nicht gewerbliche Tätigkeiten umfasst, hat sie keine gewerblichen Einkünfte und es fällt keine Gewerbesteuer an. Andererseits sind die Einkünfte einer GmbH & Co. KG unter den Voraussetzungen des § 15 Abs. 3 Nr. 2 EStG stets als Einkünfte aus Gewerbebetrieb zu qualifizieren und damit gewerbesteuerpflichtig.
8.2 Verlustverrechnung
In der steuerrechtlichen Behandlung von Verlusten kommt ein weiterer Unterschied zwischen Personen- und Kapitalgesellschaften zutage.
Bei einer Personengesellschaft können die anteiligen Verluste der Gesellschaft von den Gesellschaftern grundsätzlich mit deren anderen Einkünften bei der Ermittlung der Einkommensteuer verrechnet werden. Lediglich bei Personengesellschaften mit partieller Haftungsbeschränkung (KG, GmbH & Co. KG, Stille Gesellschaft) ist die Verlustverrechnung für die beschränkt haftenden Gesellschafter auf die Höhe der von ihnen geleisteten Einlage begrenzt (§ 15a EStG).
Anders die Sachlage bei Kapitalgesellschaften. Dort bleibt der Verlust auf der Ebene der Kapitalgesellschaft gefangen. Eine Verrechnung ist nur im Rahmen des Verlustrücktrags auf die beiden Vorjahre bzw. als Verlustvortrag für die kommenden Jahre möglich. Ein Umstand, der sich in einer wirtschaftlichen Krise zusätzlich negativ auswirkt.
8.3 Gewerbesteuerbelastung
Auch wenn die Gewerbesteuerpflicht für gewerbliche Unternehmen jedweder Rechtsform gilt (§ 2 GewStG), gibt es im Endeffekt doch einen bedeutenden Unterschied. Denn nur bei Personengesellschaften besteht die Möglichkeit, eine auf die gewerblichen Einkünfte anfallende Gewerbesteuer von der Einkommensteuer abzuziehen (§ 35 EStG). Dazu erfolgt bei den Gesellschaftern eine pauschale Anrechnung der Gewerbesteuer auf die Einkommensteuer bis zur Höhe des 4-fachen des Gewerbesteuermessbetrags.
Für Kapitalgesellschaften gibt es diese Anrechnung der Gewerbesteuer nicht, sondern die Gewerbesteuer führt dort zu einer Definitivbelastung. Allerdings muss auch gesehen werden, dass die Körperschaftsteuer mit nur 15 % deutlich geringer liegt als die Einkommensteuer mit bis zu 45 %. Dies war auch der Grund für den Gesetzgeber durch eine Anrechnungsmöglichkeit der Gewerbesteuer für die Personenunternehmen eine gewisse Rechtsformneutralität der Besteuerung zu schaffen.