Als im ertragsteuerlichen Sinn zu qualifizierende Mitunternehmerschaften sind nicht nur gewerblich tätige Personengesellschaften, sondern auch gewerblich geprägte Personengesellschaften anzusehen. Eine gewerbliche Prägung iSv § 15 Abs. 3 Nr. 2 EStG hat zur Voraussetzung, dass es sich um die zur Einkünfteerzielung unternommene Betätigung einer nicht gewerblich tätigen Personengesellschaft handelt, in der eine oder mehrere Kapitalgesellschaften persönlich haftende Gesellschafter sind und nur diese oder Personen, die nicht Gesellschafter sind, zur Geschäftsführung befugt sind. Dabei stellt sich folgendes Problem: Es besteht die Gefahr eines Verstoßes gegen § 47 Abs. 4 GmbHG, denn bedarf eine Maßnahme des GmbH-Geschäftsführers der Zustimmung der GmbH-Gesellschafterversammlung, steht sich der Geschäftsführer selbst gegenüber, da ihm die Stimmrechtsausübung für die KG als Geschäftsführer der Komplementär-GmbH obliegt. Daher muss die Handlungsmöglichkeit des GmbH-Geschäftsführers für die KG in den GmbH-Gesellschafterversammlungen mindestens bezüglich seiner Bestellung, Abberufung und Entlastung eingeschränkt und auf die Kommanditisten übertragen werden. Die gewerbliche Prägung iSd § 15 Abs. 3 Nr. 2 EStG verlangt aber, dass nur die Komplementär-GmbH geschäftsführungsbefugt ist.
In der Literatur gibt es zum Teil Bedenken gegenüber der gewerblichen Prägung der Einheitsgesellschaft, da nach dem Wortlaut des § 15 Abs. 3 Nr. 2 EStG jede Handlung eines Kommanditisten geprägeschädlich sei, wenn sie als Ausübung von Geschäftsführungsaufgaben zu werten ist. Übernehmen nun die Kommanditisten in der Gesellschafterversammlung die Stimmrechtsausübung für die KG als Gesellschafterin der Komplementär-GmbH, so sei darin eine solche Maßnahme der Geschäftsführung zu sehen.
Der Begriff der Geschäftsführung ist allerdings gesellschaftsrechtlich auszulegen und umfasst "jede zur Förderung des Gesellschaftszwecks bestimmte, für die Gesamthand wahrgenommene Tätigkeit, mit Ausnahme solcher Maßnahmen, die die Grundlagen der Gesellschaft betreffen". Grundlagengeschäfte sind solche, die die Organisation der Gesellschaft und die Bestimmungen zu Art, Umfang und Aufteilung der Geschäftsführungsbefugnis zum Gegenstand haben. Zu diesen Grundlagengeschäften und damit nicht zum originären Geschäftsführungsbereich gehören die Bestellung, Abberufung und Entlastung von Geschäftsführern. Es handelt sich insoweit – sofern die Kommanditisten wegen des Verbots Richter in eigener Sache zu sein und den Geschäftsführer entlasten – um die Wahrnehmung unmittelbarer Gesellschaftsrechte. Dementsprechend hat der Bundesfinanzhof klargestellt, dass nur eine organschaftliche Geschäftsführung der Kommanditisten geprägeschädlich ist. Insofern kommt die in der Literatur teilweise vertretene Ansicht, dass die entsprechenden Handlungen der Kommanditisten für die KG zwar als Akt der Geschäftsführung anzusehen seien, jedoch gerade nicht als organschaftliche Geschäftsführung, sondern als nicht geprägeschädliche "Geschäftsführung sui generis" zu qualifizieren sind, zum gleichen Ergebnis. Ein im Hinblick auf die Risiken der steuerlichen Geprägeschädlichkeit vereinzelt zusätzlich empfohlener Stimmbindungsvertrag, mit dem sich der GmbH-Geschäftsführer verpflichtet, nach Weisung und Beschluss der Kommanditistenversammlung insbesondere hinsichtlich seiner eigenen Entlastung abzustimmen, ist nach der hier vertretenen Ansicht entbehrlich, da insoweit bei nicht unmittelbarer Wirkung des Kommanditistenhandelns neuerliche Streitanfälligkeit zu befürchten wäre.