Fraglich bleibt, ob die (nach § 2210 BGB zeitlich begrenzte) Verwaltung des Stiftungsvermögens durch den Testamentsvollstrecker mit dem Grundprinzip der Stiftungsautonomie vereinbar ist.
Dazu muss zunächst der Begriff der Stiftungsautonomie bestimmt werden. Vielfach wird die Stiftung als juristische Person in Reinkultur beschrieben, da sie weder Eigentümer, Mitglieder noch Gesellschafter hat. Sie ist nicht bloß als verselbstständigtes Vermögen, sondern als autonome juristische Person mit eigenem Vermögen zu begreifen. Da sie nach Anerkennung auch gegenüber dem Stifter selbstständig ist, kommt ihre Autonomie im weiteren Sinne zumindest auch durch die von Einflüssen Dritter unabhängige Wahrung des in Satzungsform gegossenen und durch den Stiftungszweck konkretisierten Stifterwillens zum Ausdruck.
Diese – etwas vage – Beschreibung umfasst nach Weidmann den Kernbereich der Stiftungstätigkeit, welcher nur der höchstpersönlichen Ausgestaltung durch die Stiftungsorgane unterliegen kann. Folgt man dieser Betrachtungsweise, so muss die Verwaltung des Stiftungsvermögens als reines Erwirtschaften von Erträgen und Erhalten des Vermögensstocks aus diesem Bereich ausgeklammert werden. Weder der Stiftungszweck und seine Umsetzung im Rahmen der Mittelverwendung noch die Stiftung als solche in ihrem Bestand werden von der Verwaltung des Stiftungsvermögens durch einen Testamentsvollstrecker unmittelbar berührt. Die rein monetäre Tätigkeit der Vermögensverwaltung weist mithin nichts Stiftungsspezifisches auf, sondern ist in derselben Form auch in anderen rechtlichen Zusammenhängen üblich. Ein stiftungsrechtlicher Kernbereich kann also nicht tangiert sein.
Auch nach Arnhold kann die Stiftungsautonomie aufgrund der Vermögensverwaltung durch einen Testamentsvollstrecker nicht verletzt sein. In welcher Weise der Erblasser über sein Vermögen verfügt, obliege im Rahmen der Testierfreiheit nur ihm selbst. Einschränkungen außerhalb der gesetzlichen Normierung seien nicht zulässig. Werde für den Nachlass Testamentsvollstreckung angeordnet, so erhalte der Erbe den Nachlass auch mit dieser Belastung. Die Verfügungs- und Verwaltungsbefugnis des zugewandten Vermögens stehen also von vornherein nicht zur Disposition der Stiftung als Erbin, sodass die Stiftungsautonomie schon insoweit nicht berührt sein könne. Ferner liege eine eigentumsrechtliche Beeinträchtigung im Sinne des Art. 14 GG nicht vor, da das Eigentum am Nachlass eben nur unter der Belastung der Testamentsvollstreckung erworben werde.
Schewe wirft zudem ein, dass ein Ausschluss der Verwaltungsbefugnis auch bei der für Stiftungen allgemein für zulässig gehaltenen Abwicklungsvollstreckung vorliegt und mithin die Stiftungsautonomie gleichermaßen verletzen müsste. Eine Differenzierung zwischen Dauer- und Abwicklungsvollstreckung, wie sie nach einer verbreiteten Ansicht vorgenommen wird, könne daher nicht überzeugen.
Entgegen der in der Kommentarliteratur teilweise vertretenen Meinung scheidet eine Verletzung der Stiftungsautonomie – unabhängig davon, ob eine Stiftung auf den Todesfall oder eine unter Lebenden errichtete Stiftung vorliegt – also aus.