Im Hinblick auf eine befürchtete Aufdeckung der Tat vor Ermittlung und Beschaffung aller für die Ermittlung der Besteuerungsgrundlagen erforderlichen Informationen und Dokumente wird oft eine gestufte Selbstanzeige abgegeben. Ein solches zweistufiges Vorgehen ist nach Ansicht des BGH grundsätzlich nicht zu beanstanden, sofern bereits auf der ersten Stufe der Selbstanzeige alle erforderlichen Tatsachenangaben und eine Schätzung der Besteuerungsgrundlagen erfolgen. Die Angaben müssen es der Finanzbehörde ermöglichen, ohne langwierige Nachforschungen den Sachverhalt vollständig aufzuklären und die Steuer richtig festzusetzen. Es handelt sich um eine Selbstanzeige dem Grunde nach, bei der die Besteuerungsgrundlagen zunächst nur geschätzt werden und die Finanzbehörde um eine Frist zur Nachreichung von Unterlagen ersucht wird, die die steuerpflichtigen Einkünfte zutreffend darlegen. Nicht ausreichend ist dagegen eine Anzeige ohne Angabe von (zumindest geschätzten) Besteuerungsgrundlagen, hierdurch tritt eine Entdeckung der Tat ein, die eine strafbefreiende Wirkung der Selbstanzeige ausschließt.
Trotz der seit Inkrafttreten des Schwarzgeldbekämpfungsgesetzes erforderlichen Vollständigkeit der Selbstanzeige muss die zur Berichtigung mitgeteilte Steuer nicht mit der von der Finanzbehörde schließlich festgesetzten Steuer exakt übereinstimmen. Vielmehr versagen geringfügige Abweichungen weiterhin nicht die Straffreiheit. Eine Abweichung der festgesetzten Steuer von mehr als 5 % ist allerdings nach Ansicht des BGH nicht mehr geringfügig, bei darunter liegenden Abweichungen ist eine Einzelfallbetrachtung vorzunehmen.
Vor dem Hintergrund, dass eine Teilselbstanzeige keine strafbefreiende Wirkung mehr entfaltet und bereits geringfügige Abweichungen für die Wirksamkeit der Selbstanzeige schädlich sein können, müssen bei gestuften Selbstanzeigen aus Vorsichtsgründen ganz erhebliche Sicherheitszuschläge vorgenommen werden. Insbesondere bei Einkünften aus Kapitalvermögen müssen die Beträge ausreichend hoch angesetzt werden, was bei noch fehlenden Bankunterlagen im Hinblick auf Kapitalgewinne und Erträge nach dem InvStG nahezu unmöglich ist. Um die Unwirksamkeit einer Anzeige zu vermeiden, sollte daher in solchen Fällen auf ein gestuftes Vorgehen verzichtet werden, sofern nicht ausnahmsweise eine Entdeckung der Tat in kürzester Zeit befürchtet wird. Sofern ein gestuftes Vorgehen unverzichtbar ist, ist aus Vorsichtsgründen ein erheblicher Sicherheitszuschlag vorzunehmen. Dabei muss beachtet und der Mandant aufgeklärt werden, dass bei entsprechender Dauer der Beschaffung der zur Korrektur der geschätzten Angaben benötigten Informationen bereits die Nachzahlung der Steuer fällig werden kann. Es ist daher ausreichend Liquidität vorzuhalten, um auch die zu hoch geschätzte Steuer begleichen zu können.
Eine Korrektur der zu hoch geschätzten Einkünfte kann dann jederzeit – auch noch bis in das Einspruchsverfahren – erfolgen. Hierdurch wird die Selbstanzeige nicht widerrufen oder auf schädliche Weise abgeändert. Die Einlegung eines Einspruchs beseitigt auch nicht die Wirksamkeit der Selbstanzeige, solange es sich nur um eine Änderung der Rechtsauffassung handelt, z. B. dass zuvor geschätzte Erträge aus schwarzen Fonds nicht zu versteuern seien, da die Besteuerung von Erträgen aus schwarzen Fonds nach § 6 InvStG gegen die Freiheit des Kapitalverkehrs (Art. 56 EG) verstoße.