Die Veräußerung einzelner Vermögensgegenstände der GmbH ist grundsätzlich gewerbesteuerpflichtig. Allerdings gilt die oben dargestellte für Kleinanleger nachteilige Streubesitzregelung des § 8 Nr. 5 GewStG nicht für Gewinne aus der Veräußerung von Streubesitzanteilen, sodass diese gewerbesteuerfrei bleiben.
Gewerbesteuerfrei sind aufgrund der oben dargestellten sog. erweiterten Gewerbesteuerkürzung auch Gewinne aus der Veräußerung von Grundstücken. Allerdings gilt die Gewerbesteuerfreiheit wie bei der Personengesellschaft nicht, soweit der Gewerbeertrag Gewinne aus der Aufdeckung stiller Reserven aus dem Grundbesitz enthält, der innerhalb von drei Jahren vor der Aufdeckung der stillen Reserven zu einem unter dem Teilwert liegenden Wert in das Betriebsvermögen des aufdeckenden Gewerbebetriebs überführt oder übertragen worden ist, und soweit diese Gewinne auf bis zur Überführung oder Übertragung entstandene stille Reserven entfallen (§ 9 S. 5 Nr. 2 GewStG).
Gewinne, die die GmbH aus der Veräußerung ihres Unternehmens erzielt, unterliegen anders als bei der Personengesellschaft der Gewerbesteuer. Das Gleiche gilt gem. § 7 S. 2 Nr. 2 GewStG auch für den Gewinn aus der Veräußerung eines Mitunternehmeranteils oder eines Kapitalgesellschaftsanteils.
Die Veräußerung von Kapitalgesellschaftsanteilen, die sich im Privatvermögen befinden, ist selbst dann nicht gewerbesteuerpflichtig, wenn die Veräußerung gem. § 17 EStG oder § 20 EStG einkommensteuerpflichtig ist. Anders ist es nur, wenn der Betroffene die Voraussetzungen eines gewerblichen Anteilshandels iSd § 15 EStG erfüllt.