Wird der Gewinn nach § 4 Abs. 3 Satz 1 EStG als "Überschuss der Betriebseinnahmen über die Betriebsausgaben" ermittelt, ist die Entnahmeregelung ebenfalls anwendbar. Das kann zwar nicht ohne Weiteres dem Gesetz entnommen werden. Wenn § 4 Abs. 3 EStG als Gewinn lediglich den Überschuss der Betriebseinnahmen über die Betriebsausgaben bezeichnet, ändert das aber nichts daran, dass auch bei der Ermittlung des Gewinns nach § 4 Abs. 3 EStG Entnahmen und Einlagen im Grundsatz ebenso zu berücksichtigen sind wie beim Betriebsvermögensvergleich, und zwar grundsätzlich in der Weise, dass der Wert der Entnahmen dem Überschuss der Betriebseinnahmen über die Betriebsausgaben hinzugerechnet und der Wert der Einlagen davon abgezogen wird.
Bei der Einnahmenüberschussrechnung sind sowohl der Entnahmetatbestand des § 4 Abs. 1 Satz 2 EStG als auch die Bewertungsregelungen, insbesondere § 6 Abs. 1 Nr. 4 EStG anzuwenden.
Im Übrigen bestimmt § 6 Abs. 7 Nr. 2 EStG klarstellend, dass im Fall des § 4 Abs. 3 EStG die Bewertungsvorschriften des § 6 Abs. 1 Nrn. 1a und 4 bis 7 entsprechend anzuwenden sind.
Die Berücksichtigung von Entnahmen und Einlagen ist also auch bei der Einnahmenüberschussrechnung unumgänglich. Das ergibt sich zum einen aus dem allgemeinen Grundsatz, dass außerbetriebliche Vorgänge den Gewinn nicht beeinflussen dürfen, zum anderen aus dem Grundsatz der Gesamtgewinngleichheit, wonach im Ganzen und auf Dauer gesehen, die Einnahmenüberschussrechnung den gleichen Gesamtgewinn wie der Betriebsvermögensvergleich ergeben soll. Dies wird auch bestätigt durch § 4 Abs. 3 Satz 4 EStG, der von der Veräußerung oder Entnahme bestimmter Wirtschaftsgüter spricht.
Allerdings folgt aus dem Wesen der Überschussrechnung als einer reinen Geldrechnung, dass nur die nicht in Geld bestehenden Entnahmen zu berücksichtigen sind und Barentnahmen keine Bedeutung haben, weil die betrieblichen Einnahmen bereits im Zeitpunkt des Zuflusses den Kassenbestand erhöht haben und später eintretende Veränderungen des Kassenbestands den Gewinn nicht mehr beeinflussen können; die Beurteilung gilt auch für Barabhebungen von einem betrieblichen Bankkonto. Die Bewertung der Sachentnahmen, Nutzungs- und Leistungsentnahmen erfolgt allerdings – wiederum im Hinblick auf den Grundsatz der Gesamtgewinngleichheit – wie beim Bestandsvergleich, d. h. die Bewertungsvorschrift des § 6 Abs. 1 Nr. 4 EStG findet Anwendung. Im Ergebnis werden die zuletzt genannten Entnahmen wie Betriebseinnahmen erfasst.
Entnahme von Anlagegütern
Bei der Entnahme von abnutzbaren Anlagegütern, z. B. Pkw, wird die Entnahme nach § 6 Abs. 1 Nr. 4 EStG mit dem Teilwert angesetzt, der noch nicht durch die AfA verzehrte Teil der Anschaffungskosten ist als Betriebsausgabe anzusetzen. Sinn und Zweck der Entnahmeregelung ist es, die nicht betrieblich veranlasste Minderung des Betriebsvermögens, zu der es durch die Entnahme gekommen ist, bei der Gewinnermittlung durch Hinzurechnung des Entnahmewerts wieder rückgängig zu machen.
Stattdessen soll es auch möglich sein, dass nur der Differenzbetrag zwischen Teilwert und dem fiktiven Bilanzwert im Zeitpunkt der Entnahme, als Betriebseinnahme angesetzt wird.
Ausnahmsweise ist bei einer Sachentnahme i. S. d. § 4 Abs. 1 Satz 3 EStG (Entstrickung) der gemeine Wert anzusetzen
Handelt es sich um ein nicht abnutzbares Anlagegut, z. B. Grund und Boden, haben sich die Anschaffungskosten gem. § 4 Abs. 3 Satz 4 EStG bisher nicht als Betriebsausgaben ausgewirkt; deshalb sind sie im Zeitpunkt der Entnahme als Betriebsausgabe anzusetzen. Das gilt auch für die übrigen in § 4 Abs. 3 Satz 4 EStG genannten Wirtschaftsgüter.