Nach § 9 Abs. 1 UStG kann ein Vermieter auf die Steuerfreiheit von Grundstücksvermietungen grundsätzlich verzichten, falls an einen Unternehmer für sein Unternehmen vermietet wird. Diese Möglichkeit wird bei gewerblichen Grundstücksvermietungen wegen der wirtschaftlich positiven Effekte aufgrund des so erlangten Vorsteuerabzuges bezüglich der den Vermietungsumsätzen zuzuordnenden Eingangsleistungen gerade bei Neu- oder generalsanierten Bauten gern genutzt. Allerdings ist der Verzicht auf die Steuerfreiheit gem. § 9 Abs. 2 UStG nur möglich, soweit der Mieter das Grundstück ausschließlich für Umsätze verwendet oder zu verwenden beabsichtigt, die den Vorsteuerabzug nicht ausschließen, so dass bei einer Vermietung an Unternehmen z.B. aus dem Bank-, Versicherungs- oder Immobiliensektor steuerfrei vermietet werden muss. Gleiches gilt für pauschalierende Landwirte.
In der Praxis werden oftmals Betriebsvorrichtungen wie Lastenaufzüge oder Klimaanlagen für Serverräume mitvermietet. Wird die Mitvermietung von Betriebsvorrichtungen bei Abschluss eines steuerfreien Mietvertrages nicht erkannt und erst im Rahmen einer Betriebsprüfung entdeckt, kommt es zur Nachforderung der auf die Mitvermietung der Vorrichtungen entfallenden Umsatzsteuer zzgl. Zinsen. Es ist dann eine Frage der zivilrechtlichen Vereinbarungen mit dem Mieter (Brutto- oder Nettoklausel, evtl. Festpreisklausel), ob der Vermieter diese Umsatzsteuer von seinem Mieter nachfordern kann. Ein Wegfall des Aufteilungsgebotes würde Vermieter und Mieter vor diesem Risiko schützen.
Bei steuerfreier Mitvermietung v. Betriebsvorrichtungen Entfallen des Vorsteuerabzugs beachten: Auf der anderen Seite wäre allerdings zu beachten, dass bei einer steuerfreien Mitvermietung von Betriebsvorrichtungen der Vorsteuerabzug auf die diesbezüglichen Eingangsleistungen entfällt. Dies kann vor allem dann nachteilig sein, wenn der Mieter ein Vorsteuerabzugsrecht aus einer gesondert berechneten Miete für Betriebsvorrichtungen hätte. In diesem Fall erhöht sich die Belastung der Parteien um die nicht abziehbare Vorsteuer.
Verkauf von Immobilien: Die oben dargestellte Erleichterung könnte auch nicht ohne weiteres auf den Mitverkauf von Betriebsvorrichtungen bei Grundstückstransaktionen übertragen werden. Grundstücksverkäufe sind als "Umsätze, die unter das Grunderwerbsteuergesetz (GrEStG) fallen", nach § 4 Nr. 9 Buchst. a UStG umsatzsteuerfrei. Gemäß § 2 Abs. 1 Nr. 1 GrEStG werden Maschinen und sonstige Vorrichtungen aller Art, die zu einer Betriebsanlage gehören, ausdrücklich nicht zu den Grundstücken im Sinne dieses Gesetzes gerechnet. Würde in Folge der nun anstehenden EuGH-Entscheidung die Mitvermietung von Betriebsvorrichtungen steuerfrei, wäre bei Grundstücksverkäufen zu differenzieren: Beim Verkauf einer zuvor insgesamt steuerfrei vermieteten Immobilie wäre der Mitverkauf der sich darin befindenden Betriebsvorrichtungen nach § 4 Nr. 28 UStG grundsätzlich ebenfalls steuerfrei. Nach bisheriger Handhabung ist der Verkauf von Betriebsvorrichtungen durch einen Regelunternehmer dagegen stets steuerpflichtig, wenn keine Geschäftsveräußerung im Ganzen nach § 1 Abs. 1a UStG vorliegt.
Unabhängig vom Ausgang des anhängigen Verfahrens muss umsatzsteuerlich gesehen immer dann eine Identifizierung von mit zu verkaufenden Betriebsvorrichtungen erfolgen, wenn der Verkauf nicht im Anschluss an eine steuerfreie Vermietung erfolgt, da bezüglich der Betriebsvorrichtungen die Steuerschuld nicht nach § 13b Abs. 2 Nr. 3 UStG auf den Käufer übergeht, sondern der Verkäufer der Steuerschuldner ist.
Auf Verkaufsvorgänge, die umsatzsteuerlich die Voraussetzungen einer Geschäftsveräußerung im Ganzen nach § 1 Abs. 1a UStG erfüllen, hätte eine geänderte Auslegung des § 4 Nr. 12 S. 2 UStG keine Auswirkungen.