Die Preisvergleichsmethode hat den direktesten Bezug zum Marktpreis und damit zum Handeln unter fremden Dritten. Hierbei lassen sich 2 Formen unterscheiden: der innere und der äußere Preisvergleich.
Beim äußeren Preisvergleich wird auf den Lieferungs- und Leistungsverkehr zwischen fremden Unternehmen abgestellt. Dies ist bei den Geschäftsbeziehungen relativ unproblematisch, bei denen Preise in einem öffentlichen Verfahren festgestellt werden, wie dies üblicherweise bei Börsenpreisen oder nachvollziehbaren Marktpreisfeststellungen (z. B. Rohölpreise am Spotmarkt) der Fall ist. Dann besteht regelmäßig nicht nur ein einheitlicher Marktpreis, sondern auch eine hohe Markttransparenz. Da hierdurch nur ein Bruchteil aller Geschäftsbeziehungen erfasst werden kann, bleibt das oben skizzierte Problem der Vergleichbarkeit des vorliegenden Geschäfts mit abgeleiteten Preisen aus Geschäften zwischen fremden Dritten für den äußeren Preisvergleich bestehen. Der Bezug auf Geschäftsabschlüsse zwischen voneinander unabhängigen Dritten ist ausgesprochen schwierig, weil sich hierbei das Problem der Beschaffung von Vergleichsdaten stellt. Dieses bezieht sich nicht nur auf die Preise, sondern auch auf die Bedingungen, unter denen die Transaktionen abgewickelt wurden.
Besser sind die Möglichkeiten des Nachweises beim inneren Preisvergleich. Hierbei soll die Angemessenheit von Verrechnungspreisen aufgrund von Geschäften überprüft werden, die der Stpfl. oder ein ihm nahe Stehender mit einem fremden Dritten vereinbart hat. Dies erscheint in den Fällen unproblematisch, in denen eine deutsche Muttergesellschaft Produkte sowohl an ihre ausl. Tochtervertriebsgesellschaft als auch an andere unabhängige Vertriebsunternehmen veräußert und diese Preisvereinbarungen weitgehend identisch sind, da das Mutterunternehmen seine Tochtergesellschaften im Rahmen einer Profit-Center-Struktur wie einen fremden Dritten behandelt wissen möchte. Sofern bei solchen Lieferungs- und Leistungsbeziehungen Unterschiede bei der konkreten Ausgestaltung der Geschäftsbeziehungen bestehen, ist zu prüfen, inwieweit diese mithilfe von Anpassungsrechnungen eliminiert werden können. Probleme können bei einem solchen Ansatz daraus resultieren, dass die Gesellschaften im Konzern gezielt Vereinbarungen treffen, die dazu führen, dass die Vergleichbarkeit mit Transaktionen gegenüber fremden Dritten nicht hergestellt werden kann.
Der Rückgriff auf den indirekten Preisvergleich ist zwar grundsätzlich möglich, setzt aber voraus, dass bestehende Unterschiede hinreichend genau quantifizierbar sind und sich so aus der Vergleichstransaktion "herausrechnen" lassen. Da eine solche genaue Zurechnung von Preisbestandteilen auf Teileigenschaften des Produkts bzw. einzelne Teile der Dienstleistung häufig nicht möglich sein wird, scheidet der indirekte Vergleich in diesen Fällen aus.