2.1 Nationales Steuerrecht
Auch wenn es sich bei den Einkünften aus Schiff- und Luftfahrt und dem Betrieb von Binnenschiffen um gewerbliche Einkünfte handelt, erfolgt die Unterscheidung in inl. oder ausl. Einkünfte nach deutschem Steuerrecht nicht anhand des Betriebsstättenprinzips. Einkünfte im Inland ansässiger Unternehmen aus dem Betrieb eigener oder gecharterter Seeschiffe und Luftfahrzeuge sind gem. § 34d Nr. 2 Buchst. c EStG ausl. Einkünfte, wenn sie aus der Beförderung zwischen ausl. oder von ausl. zu inl. Häfen erzielt werden. Dabei ist es unerheblich, welcher ausl. Hafen betroffen ist bzw. ob die Beförderung zwischen Häfen verschiedener Länder erfolgt oder innerhalb eines ausl. Staates. Erzielt ein Inländer Einkünfte aus der Beförderung von einem inl. (Flug-)Hafen, sind diese nicht ausl., sondern im Rahmen der inl. Besteuerung zu erfassen. Der Export von Gütern/Personen ist damit stpfl., im Falle des Imports liegen dagegen ausl. Einkünfte vor. Auch diese Einkünfte aus Schifffahrt können aber der Tonnagebesteuerung gem. § 5a EStG unterliegen. Inl. Einkünfte ("Inländische Einkünfte") liegen gem. § 49 Abs. 1 Nr. 2 Buchst. b EStG vor, wenn ein nicht im Inland ansässiger Unternehmer Einkünfte aus Beförderungen zwischen inl. oder von inl. zu ausl. Hafen erzielt. Damit wird der Export von Gütern/Personen stpfl. Keine inl. Einkünfte liegen damit vor, wenn die Einkünfte von einem Ausländer erzielt werden und die Beförderung im Ausland beginnt (Import von Gütern/Personen). Entscheidend für die Qualifikation als inl. oder ausl. Einkünfte ist daher der (Flug-)Hafen, in dem die Beförderung beginnt. Werden die Schiffe oder Flugzeuge im Rahmen einer Betriebsgemeinschaft oder eines Pools betrieben, unterliegen die Einkünfte nach § 49 Abs. 1 Nr. 2 Buchst. c EStG in Deutschland der beschränkten Stpfl., wenn die Beförderung durch im Inland ansässige Unternehmer durchgeführt wird. Gem. § 49 Abs. 3 EStG sind in Deutschland beschränkt stpfl. Einkünfte aus der Schiff- und Luftfahrt pauschal mit 5 % der Beförderungsentgelte anzusetzen, sofern sie nicht im Rahmen eines Pools erzielt werden. Dadurch werden Schwierigkeiten bei der Ermittlung der Betriebseinnahmen und -ausgaben vermieden. Die Regelung ist allerdings nicht anzuwenden, wenn das Besteuerungsrecht nach dem DBA unbeschränkt aufrechterhalten wird.
Gem. § 49 Abs. 4 EStG unterliegen Einkünfte, die im Rahmen eines Pools oder durch eine inl. Betriebsstätte erzielt werden, dann nicht der beschränkten Stpfl., wenn der Ansässigkeitsstaat eine entsprechende Steuerbefreiung für deutsche Unternehmen gewährt und diese verkehrspolitisch unbedenklich ist.
2.2 DBA
Gem. Art. 8 OECD MA werden die Gewinne aus dem Betrieb von Seeschiffen, Luftfahrzeugen und Binnenschiffen in dem Staat der tatsächlichen Geschäftsleitung besteuert. Diesem Staat steht ein ausschließliches Besteuerungsrecht zu. Nach dem DBA wird damit grundsätzlich nicht nach dem Im- oder Export von Gütern oder Personen unterschieden. Nicht entscheidend ist damit auch der rechtliche Sitz des Unternehmens. Damit wird die Wahl des Besteuerungsstaats durch rechtliche Anknüpfungspunkte ohne Substanz verhindert. Diese Regelung gilt auch für Einkünfte im Rahmen einer Betriebsgemeinschaft und eines Pools. Sie greift nur, wenn ein Betrieb im internationalen Verkehr erfolgt. Dies ist gem. Art. 3 Abs. 1 Buchst. e) OECD-MA der Fall, wenn die Beförderung nicht ausschließlich zwischen Häfen des anderen Staats, d. h. nicht zwischen Häfen des Ansässigkeitsstaats des Betreiberunternehmens, erfolgt.
Befindet sich der Ort der tatsächlichen Geschäftsleitung an Bord des Schiffes, ist der Heimathafen entscheidend. Dies ist der Hafen, von dem aus das Schiff tatsächlich betrieben wird. Nach deutschem Recht ist der Heimathafen in das Schiffsregister eingetragen. Fehlt ein Heimathafen, ist der Ansässigkeitsstaat des Betreibers entscheidend.
Veräußerungsgewinne können nur im Staat der tatsächlichen Geschäftsleitung des Unternehmens besteuert werden.