Von besonderer Komplexität ist das Verhältnis von § 5a EStG und § 15a EStG. Nach § 5a Abs. 5 Satz 4 EStG ist für die Anwendung des § 15a der nach § 4 Abs. 1 oder § 5 EStG ermittelte Gewinn zugrunde zu legen. Dies führt dazu, dass bei Anwendung des § 5a EStG eine Gewinnermittlung nach den allgemeinen Bestimmungen zu erfolgen hat und insbesondere auch die steuerlichen Kapitalkonten der einzelnen Gesellschafter fortzuführen sind. Der verrechenbare Verlust nach § 15a EStG wird jährlich festgestellt.
Eine Bedeutung hat der § 15a EStG allerdings für die laufende Besteuerung nicht, da der Gewinn nach § 5a EStG nicht mit Verlusten nach § 15a EStG verrechnet werden kann. Mit einem Verlust verrechnet werden kann jedoch der Gewinn aus der Auflösung des Unterschiedsbetrags. Eine entsprechende Regelung für § 15b EStG fehlt. Zur Reihenfolge der Verrechnung von Verlusten im Zeitraum der Anwendung der Tonnagebesteuerung hat sich der BFH geäußert.
Da der Tonnagegewinn auch den Veräußerungs- oder Aufgabegewinn umfasst, werden die Vergünstigungsnormen der §§ 34, 34c Abs. 1 bis 3 sowie 35 EStG in § 5a Abs. 5 Satz 2 EStG ausdrücklich für nicht anwendbar erklärt.
Zu beachten ist ferner § 4 Abs. 5 Satz 1 Nr. 11 EStG. Dieser normiert eine Nichtabzugsfähigkeit von Aufwendungen, die mit unmittelbaren oder mittelbaren Zuwendungen von nicht einlagefähigen Vorteilen an natürliche oder juristische Personen in Zusammenhang stehen, deren Gewinn nach § 5a EStG ermittelt wird.
Auch Unternehmen, die ihren Gewinn nach § 5a EStG ermitteln, sind zur Abgabe einer E-Bilanz verpflichtet. § 5b EStG bestimmt, dass derjenige, der seinen Gewinn nach § 4 Abs. 1, § 5 oder § 5a EStG ermittelt, den Inhalt der Bilanz sowie der GuV nach einem amtlich vorgeschriebenen Datensatz durch Datenfernübertragung zu übermitteln hat. Die Gewinnermittlung nach § 5a EStG stellt dabei ein Sondermodul der Taxonomie dar.
Ebenfalls zu übermitteln sind Anpassungen der Handelsbilanz an die Steuerbilanz oder eine reine Steuerbilanz. Einzureichen sind nach dem Umfang der Anwendung des § 5b EStG ferner Kapitalkonten. Diese sind bei einer Gewinnermittlung nach der Tonnage bislang nur im Rahmen der Schattenveranlagung von Bedeutung gewesen.
Eine weitere Fragestellung, die zwar alle Personengesellschaften betrifft, aber bei Publikumsgesellschaften durch die häufigen Wechsel im Gesellschafterbestand von besonderer Bedeutung ist, betrifft die Einreichung von Ergänzungs- und Sonderbilanzen auf elektronischem Weg.
Ein weiteres wesentliches Problem hinsichtlich der E-Bilanz ist, dass es keine Taxonomie für solche Unternehmen gibt, die der maritimen Wirtschaft zuzuordnen sind. Für andere Wirtschaftszweige, insbesondere Banken und Versicherungen, ist dies von der Finanzverwaltung erkannt und sind besondere Taxonomien für diese Unternehmen angekündigt. Fraglich ist jedoch, ob dies für Schifffahrtsunternehmen dazu führen wird, dass eine besondere Taxonomie für die maritime Wirtschaft veröffentlicht werden wird.
Da viele Schifffahrtsunternehmen ihre Bilanz und GuV nach den Empfehlungen des Verbands Deutscher Reeder (VDR) gliedern, ist diese Frage von erheblicher Bedeutung, da sich gerade die Version 2 hinsichtlich der GuV erheblich vom gesetzlichen Gliederungsschema des HGB unterscheidet. Umfangreiche Anpassungen für Zwecke der Abgabe der E-Bilanz sind vorzunehmen, obwohl diese für die Besteuerung von Unternehmen, die ihren steuerlichen Gewinn nach § 5a EStG ermitteln, nahezu unerheblich ist. Der Aufwand ist erheblich, sodass es wünschenswert wäre, wenn der Gesetzgeber und/oder die Verwaltung Erleichterungen hinsichtlich der Abgabe von E-Bilanzen gewähren würden; zu rechnen ist damit indes wohl nicht.