Die Steuerbefreiung einer innergemeinschaftlichen Lieferung setzt das Vorliegen einer gültigen USt-IdNr. des Abnehmers voraus, die von einem anderen als dem Abgangsland erteilt wurde (§ 6a Abs. 1 Satz 1 Nr. 2 Buchst. a und b UStG). Außerdem hängt das Vorliegen einer innergemeinschaftlichen Lieferung ausdrücklich davon ab, dass der Abnehmer der innergemeinschaftlichen Lieferung, soweit er ein Unternehmer ist oder eine juristische Person, die nicht Unternehmer ist oder die den Gegenstand der Lieferung nicht für ihr Unternehmen erworben hat, gegenüber dem liefernden Unternehmer eine ihm von einem anderen Mitgliedstaat erteilte gültige USt-IdNr. verwendet hat (§ 6a Abs. 1 Satz 1 Nr. 4 UStG).
Liegt im Zeitpunkt der innergemeinschaftlichen Lieferung keine gültige ausländische USt-IdNr. des Leistungsempfängers vor, ist die Lieferung im Abgangsland umsatzsteuerpflichtig. Dies betrifft auch den Fall, dass der Leistungsempfänger eine USt-IdNr. des Abgangslandes verwendet. Die nachträgliche Verwendung einer im Zeitpunkt der Lieferung gültigen USt-IdNr. durch den Abnehmer entfaltet für Zwecke der Steuerbefreiung Rückwirkung.
Im Gegensatz zu Art. 138 Abs. 1 Buchst. b MwStSystRL, wonach nur eine Mitteilung der Identifikationsnummer erforderlich ist, muss der Abnehmer diese nach § 6a Abs. 1 Nr. 4 UStG verwendet haben. Dieser Begriff der Verwendung setzt ein positives Tun des Leistungsempfängers, in der Regel bereits bei Vertragsabschluss, voraus. Eine auf dem Briefkopf des Bestellers formularmäßig enthaltene USt-IdNr. oder eine in einer Gutschrift des Leistungsempfängers formularmäßig aufgedruckte USt-IdNr. reicht allein nicht aus, um die Unternehmereigenschaft und den unternehmerischen Bezug der zu erbringenden Leistung zu dokumentieren.
Ein positives Tun liegt auch vor, wenn der Leistungsempfänger die Erklärung über die Unternehmereigenschaft und den unternehmerischen Bezug objektiv nachvollziehbar vorgenommen hat und der Leistungsbezug vom Leistungsempfänger in zutreffender Weise erklärt worden ist, der leistende Unternehmer seinen Meldepflichten nach § 18a UStG nachgekommen ist und die Rechnung über die Leistung einen Hinweis auf die USt-IdNr., die nach § 18a Abs. 7 UStG in der ZM angegeben wurde, enthält. Mithin ist die Dokumentation in der Rechnung, die bei steuerfreien innergemeinschaftlichen Lieferungen sowohl die eigene USt-IdNr. als auch die vom Kunden für diese Lieferung verwendete USt-IdNr. und einen deutlichen Hinweis auf die Steuerbefreiung erfordert, ein Beweisanzeichen für die Verwendung.
Verwendet der Abnehmer keine USt-IdNr., liegt keine steuerbefreite innergemeinschaftliche Lieferung vor, und der Lieferant muss mit Umsatzsteuerausweis abrechnen. Sofern der Abnehmer seine Umsätze im allgemeinen Besteuerungsverfahren erklärt, kann er die Vorsteuer, die sich aus der aufgrund einer fehlenden USt-IdNr. als steuerpflichtig behandelten Lieferung ergibt, nach § 15 UStG geltend machen. Bei der ausgewiesenen Umsatzsteuer handelt es sich um eine gesetzlich geschuldete Steuer i.S.v. § 15 Abs. 1 Nr. 1 UStG. § 15 UStG sieht auch keinen Ausschlusstatbestand für eine Lieferung vor, die mangels USt-IdNr. als steuerpflichtig behandelt wird, im Übrigen aber alle Tatbestandsmerkmale des § 6a Abs. 1 UStG erfüllt. In diesem Fall handelt es sich auch nicht um eine Steuer nach § 14c UStG. Macht der Abnehmer die Vorsteuer im Vorsteuervergütungsverfahren geltend, existiert ebenfalls keine Rechtsgrundlage für die Versagung des Vorsteuerabzugs. Ist aber der Abnehmer nicht zum vollständigen Vorsteuerabzug berechtigt, ergibt sich aufgrund der Steuerpflicht im Abgangsland und der Erwerbsbesteuerung im Bestimmungsmitgliedstaat eine Doppelbesteuerung.
Die Steuerfreiheit der innergemeinschaftlichen Lieferung hängt zudem davon ab, dass der Unternehmer seiner gesetzlichen Pflicht zur Abgabe einer ZM nach § 18a UStG nachkommt (§ 4 Nr. 1 Buchst. b UStG).
Wird eine ZM fehlerhaft eingereicht, kann dieser zur Steuerpflicht führende Fehler mit Rückwirkung berichtigt werden. Die Berichtigung von Fehlern in einer anderen ZM als der ursprünglichen führt aber zu keinem Aufleben der Steuerfreiheit für die betreffende Lieferung.
Die erstmalige Abgabe einer ZM oder die Berichtigung einer fehlerhaften ZM durch den Unternehmer innerhalb der Festsetzungsfrist entfaltet für Zwecke der Steuerbefreiung Rückwirkung. Die in § 18a Abs. 10 UStG geregelte Frist dient ausschließlich den Zwecken der Durchführung eines ordnungsgemäßen innergemeinschaftlichen Kontrollverfahrens sowie eines etwaigen Bußgeldverfahrens (§ 26a Abs. 1 Nr. 5 UStG). Soweit nicht die ZM zunächst bewusst verspätet oder bewusst unrichtig oder unvollständig abgegeben wurde, um dadurch einen Umsatzsteuerbetrug zu ermöglichen bzw. zu verschleiern, gelten vorangegangene Versäumnisse des Unternehmers ohne weitergehende Begründungen als hinreichend entschuldigt, so dass die Steuerbefreiung bei Vorliegen der weiteren Voraussetzungen rückwirkend zu gewähren ist.