In seiner aktuellen Fassung sieht die MwStSystRL keine verpflichtende elektronische Übermittlung von Mehrwertsteuererklärungen vor. Darüber hinaus ist grundsätzlich nur vorgesehen, dass in den Mehrwertsteuererklärungen jeweils nur ein Gesamtbetrag pro Umsatzart und Meldezeitraum zu deklarieren ist. Gleiches gilt für die ZM, in welcher ebenso nur aggregierte Werte pro Meldezeitraum übermittelt werden. Zudem ist es – wie die Europäische Kommission ausführt – nicht möglich, Daten aus Lieferungen/Dienstleistungen mit Daten aus Erwerben abzugleichen, da die Meldung innergemeinschaftlicher Erwerbe nach der MwStSystRL für Mitgliedstaaten optional ist und weniger als die Hälfte der Mitgliedstaaten diese Pflicht eingeführt hat. Zudem würden – so gibt die Europäische Kommission zu bedenken – diese Daten Steuerbehörden in anderen Mitgliedstaaten möglicherweise nicht zum richtigen Zeitpunkt zur Verfügung stehen, und zwar sowohl wegen der eventuell unterschiedlichen Einreichungsintervalle als auch aufgrund der Zeit, die die örtlichen Steuerbehörden für das Hochladen der Daten in das System benötigen. Im Ergebnis erlauben diese Regelungen daher keine wirksame Bekämpfung des Mehrwertsteuerbetruges.
Elektronische Rechnungstellung als Datengrundlage für digitale Meldepflicht: Nach den Beobachtungen der Europäischen Kommission lässt sich weltweit eine Umstellung von der traditionellen Mehrwertsteuerbefolgung hin zum Echtzeit-Austausch umsatzbasierter Daten mit den Steuerverwaltungen erkennen. Grundlage solcher digitalen Meldepflichten sei häufig die elektronische Rechnungstellung. Die Europäische Kommission möchte daher die elektronische Rechnungstellung als Datengrundlage für eine digitale Meldepflicht etablieren. Nach den bisherigen Regelungen müssen jedoch die Mitgliedstaaten, um digitale Meldepflichten auf der Grundlage verbindlicher Vorschriften für die elektronische Rechnungsstellung annehmen zu können, eine Ausnahmeregelung einholen. Aus diesem Grund stehe die aktuelle Fassung der MwStSystRL der Digitalisierung massiv im Wege.
Die MwStSystRL räumt den Mitgliedstaaten einen weiten Ermessensspielraum bei der Einführung von Pflichten ein, die sie für erforderlich halten, um eine korrekte Erhebung der Steuer sicherzustellen und Steuerhinterziehung zu verhindern. Dies habe – so die Europäische Kommission – dazu geführt, dass eine Vielzahl von unterschiedlichen (digitalen) Meldepflichten innerhalb der 28 Mitgliedstaaten zu verzeichnen seien. Zudem würden sich die Meldepflichten hinsichtlich der zu meldenden Informationen erheblich unterscheiden. Die daraus resultierende Fragmentierung des Rechtsrahmens verursache zusätzliche Compliance-Kosten für Unternehmen, die in verschiedenen Mitgliedstaaten tätig seien und daher divergierenden lokalen Vorschriften nachkommen müssten. Dieses Regelungswerk sei ein Hindernis für den Handel im Binnenmarkt.
Die Lösung des Problems der Bekämpfung von Mehrwertsteuerbetrug beim innergemeinschaftlichen Handel sieht die Europäische Kommission daher in der Einführung eines umsatzbasierten Meldesystems, welches den Mitgliedstaaten Informationen in Quasi-Echtzeit zur Verfügung stellt (in Anlehnung an die erfolgreichen Systeme, welche mehrere Mitgliedstaaten für inländische Umsätze eingeführt haben). Zu diesem Zweck solle ein gemeinsames und für die meldenden Unternehmen verbindliches Muster festgelegt werden, das es den Steuerpflichtigen erlaubt, in Echtzeit Daten aus elektronischen Rechnungen zu melden.