Beteiligt sich eine gemeinnützige Stiftung an einer Personen- oder Kapitalgesellschaft, stellt sich die Frage, ob diese Beteiligung i. S. v. § 5 Abs. 1 Nr. 9 KStG dem wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb oder der Vermögensverwaltung zuzurechnen ist. Eine Beteiligung an einer Kapitalgesellschaft ist grundsätzlich der Vermögensverwaltung zuzuordnen. Keine Geltung hat dies, wenn die gemeinnützige Stiftung tatsächlich Einfluss auf die laufende Geschäftsführung der Kapitalgesellschaft nimmt und die Kapitalgesellschaft nicht ausschließlich Vermögensverwaltung betreibt oder selbst steuerbegünstigt ist. Notwendig ist ein aktives Eingreifen in das Tagesgeschäft. Bei einer Personenidentität in den Geschäftsführungsgremien der gemeinnützigen Stiftung und der Kapitalgesellschaft dürfte eine widerlegbare Vermutung dahingehend bestehen, dass die gemeinnützige Stiftung tatsächlich einen entscheidenden Einfluss auf das Tagesgeschäft der Kapitalgesellschaft ausübt. Bei teilweiser Personenidentität kommt es darauf an, ob die jeweiligen Personen tatsächlich in der Lage sind, ihren Willen in den Geschäftsführungsgremien sowohl der gemeinnützigen Stiftung als auch der Kapitalgesellschaft durchzusetzen. Besteht zwischen der gemeinnützigen Stiftung und der Kapitalgesellschaft eine Betriebsaufspaltung, ist die Beteiligung an der Kapitalgesellschaft ebenfalls dem wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb zuzurechnen. Beteiligungen an rein vermögensverwaltenden Personengesellschaften sind der Vermögensverwaltung zuzuordnen. Demgegenüber führen Beteiligungen an originär gewerblich tätigen Personengesellschaften zu einem wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb, sofern die gemeinnützige Stiftung als Mitunternehmerin anzusehen ist. In den Fällen der Infizierung der Personengesellschaft nach § 15 Abs. 3 Nr. 1 EStG dürfte eine Aufteilung der Einkünfte vorzunehmen sein. Nur die originär gewerblichen Einkünfte führen zu einem wirtschaftlichen Geschäftsbetrieb, während die gewerblich infizierten Einkünfte der Vermögensverwaltung zuzurechnen sind. Die Zuordnung erfolgt auf der Ebene der gemeinnützigen Stiftung außerhalb des Feststellungsverfahrens. Eine Beteiligung an einer gewerblich geprägten Personengesellschaft, die ausschließlich Vermögensverwaltung betreibt, ist der Vermögensverwaltung zuzurechnen.
(so Kraus/Mehren, Gesellschaftsbeteiligungen bei gemeinnützigen Körperschaften - wirtschaftlicher Geschäftsbetrieb oder Vermögensverwaltung?, DStR 2020, 1593)