Moderne Organisationen sind heute oftmals nach mehreren Dimensionen und Aspekten strukturiert. Es existieren klassische Organisationen mit einer fixen Wissensbasis in Form von Spezialistenwissen, einer funktionalen Hierarchie, einer operativ ausgerichteten und einer vergleichsweise starren Struktur. Oder parallel oftmals agilere Organisationen, die eher prozessgeprägt, lernend, kundenorientiert und strategiefokussiert sowie dezentral ausgeprägt sind.
Die Gründe für eine "klassisch" funktionale Organisationsstruktur sind vielfältig. Positiv zu nennen sind eine hohe Effizienz der operativen Teilschritte oder ein hohes Spezialistentum mit hoher Effektivität in Bezug auf Fachfragestellungen.
Negativ wirken z. B. Bereichsegoismen, mangelnde bereichsübergreifende Kommunikation und Ausrichtung, oder die Optimierung aus Funktionsbereichssicht statt aus Gesamtunternehmens- oder Business-Unit-Perspektive.
Neben der funktional geprägten Aufbauorganisation ist in vielen Unternehmen mittlerweile (oftmals parallel) eine ablauforganisatorische Organisationsstruktur vorhanden. Man verbindet die Vorteile "beider Welten" und strukturiert diese "agil" und kunden- bzw. wettbewerbsorientiert nach "Prozessen". D.h. Unternehmensaktivitäten werden nicht nur funktionsbezogen (klassisch: Beschaffung – Produktion – Absatz), sondern auch prozessorientiert ausgerichtet. Oftmals werden zur Durchführung der Prozesse Mitarbeiter bzw. weitere Ressourcen der Funktionsbereiche genutzt – nur selten existieren eigene Ressourcen in den Prozessteams.
Diese bereichsübergreifenden und i. d. R. kunden- und marktorientiert gestalteten Prozesse, bilden das weitere organisatorische Leitprinzip und nicht allein die funktionale Ausrichtung. Diese Prozesse sind demzufolge nicht nur innerhalb der einzelnen Einheiten der Aufbauorganisation (also den Funktionsbereichen) vorhanden, sondern auch einheitsübergreifend. Man spricht z. B. von Haupt- oder Geschäftsprozessen. Somit überlappen sich Funktionssicht und Prozesssicht.