Die Organisationsstruktur eines Unternehmens stellt die Infrastruktur für eine möglichst ökonomisch gestaltete Wertschöpfung des Unternehmens dar. In den meisten Unternehmen ist die Verantwortung jedoch nicht prozesskonform und damit entlang der Wertschöpfungskette vergeben, sondern Funktionen in der strukturellen Hierarchie zugeordnet. Dadurch können enorme Unwirtschaftlichkeiten entstehen, die vor allem längere Durchlaufzeiten für Prozesse wie z. B. Kundenaufträge sowie Beschaffungs- und Fertigungsaufträge und damit höhere Reaktionszeiten mit sich bringen. Dies hat nicht nur Auswirkungen auf die Kundenzufriedenheit, sondern insbesondere auch auf höhere Kosten und die Wettbewerbsfähigkeit.
Natürlich ist es wünschenswert, das Unternehmen auf eine rein prozessorientierte Struktur umzustellen. Dies als Voraussetzung für die Einführung eines effizienten Prozesscontrolling- und Prozesssteuerungssystems zu fordern, erscheint jedoch unrealistisch.
Das Prozesscontrolling muss dieser Diskrepanz Rechnung tragen, da diese strukturellen Nachteile nicht ohne erheblichen Aufwand beseitigt werden können. In der Literatur gibt es einige Vorschläge, auf rein prozessorientierte Unternehmensstrukturen umzustellen, denen man bei ohnehin anstehenden Veränderungen eventuell Rechnung tragen sollte.
Eine gemischte Prozessorganisation als Grundlage für die Einführung des Prozesscontrollings ist sinnvoll, da eine komplette Neuorientierung des Unternehmens in allen Bereichen – nicht zuletzt in der IT-Organisation – erhebliche Anpassungen erforderlich machen würde.
Die Kostenstellen bleiben als funktionale Einheiten bestehen und stellen die verschiedenen Ressourcen wie Personal, Maschinen, Energie, Gebäude und Einrichtungen den Prozessen als Ressourcen zur Verfügung, sofern sie ohne Schlüsselung direkt zuordenbar sind. Auch sogenannte Ressourcenpools können sinnvoll sein, um eine geschlüsselte Verrechnung der Kosten zu vermeiden.
Die Kosten von Vor- bzw. Hilfskostenstellen (z. B. Hilfsbetriebe wie Roh-, Teile- und Fertigwarenlager und Transport sowie Reparaturabteilung, Elektriker, Arbeitsvorbereitung) dürfen in einem solchen Konzept nicht umgelegt werden. Eine Ausnahme stellt die Verrechnung von Leistungen der Vor- bzw. Hilfskostenstellen dar, die auf der Basis geleisteter Stunden den empfangenden Kostenstellen Kosten direkt belasten.
Die Prozesskostenrechnung vermeidet Kostenverteilungen, Kostenumlagen und pauschale Kostenzuschläge. Da Kosten für die Vorhaltung von Ressourcenkapazitäten und zur Nutzung dieser Ressourcen anfallen, ist eine möglichst genaue und verursachungsgerechte Erfassung der für Potenzialfaktoren anfallenden Kosten und deren prozessvolumenproportionalen Verrechnung notwendig.
Die Leistungen und Kosten werden von den Prozessen verursachungsgerecht aus allen leistenden Kostenstellen abgerufen, Es kann aber durchaus sinnvoll sein, Kostenstellen aufzusplitten und unter der Kostenstelle prozesskonforme Einheiten zu bilden, um eine verursachungsgerechtere Leistungskontrolle und Kostenverrechnung zu erzielen.
Die Kostenstellenleiter – auch die Leiter eines Ressourcenpools – sind für die optimale Vorhaltung der zu erbringenden Leistung und Effizienz ihrer Abteilung verantwortlich. Sie tragen dann allerdings für die bearbeiteten Prozesse lediglich eine Teilverantwortung im Rahmen ihrer Aufgabenstellung.
Die Kostenstellen und Ressourcenpools sind als Profit- bzw. Cost-Center auszubilden, die aufgrund der an die Prozesse abgegebenen Leistungen bewertet werden.
Dies gilt selbstverständlich auch für alle Kostenstellen der Gemeinkostenbereiche wie Forschung und Entwicklung, Qualitätsmanagement, Materialwirtschaft und Einkauf, Verwaltung und Vertrieb. So können die eventuell durch Strukturänderungen (z. B. veränderte Auftragslage) nicht in Anspruch genommenen Leistungen sowohl in den produzierenden als auch in den verwaltenden Kostenstellen bzw. Prozesseinheiten erkannt und durch entsprechende Maßnahmen optimiert werden.
Für die Prozesse werden Prozessmanager bzw. Prozessmanagerteams benannt, die für die qualitative, terminliche und kostenoptimale Abwicklung der Prozesse der Geschäftsleitung gegenüber verantwortlich sind.