Werbungskosten sind diejenigen Aufwendungen, die der Arbeitnehmer im Zusammenhang mit seiner Stellung als Geschäftsführer einer Kapitalgesellschaft macht. Ist der Geschäftsführer gleichzeitig Gesellschafter der Kapitalgesellschaft, gilt dies dann, wenn die Aufwendungen nur mit der Tätigkeit als Geschäftsführer zusammenhängen, und keine Verbindung zu der Stellung als Gesellschafter haben. Das ist der Fall, wenn der Geschäftsführer wegen seiner Geschäftsführertätigkeit in Haftung genommen wird, z. B. wegen nicht bezahlter Steuern und Sozialversicherungsbeträge oder Abstandszahlungen des Geschäftsführers bei einem Kassenfehlbestand. Zur Abgrenzung zu Aufwendungen auf die Beteiligung vgl. "Beteiligung, nichtselbstständige Arbeit".
Keine Werbungskosten aus nichtselbstständiger Arbeit liegen dagegen vor, wenn die Aufwendungen in sachlichem Zusammenhang mit der Beteiligung stehen. Das ist etwa der Fall für nicht einbehaltene und nicht abgeführte KapESt für eine vGA an den Gesellschafter-Geschäftsführer. Muss der Geschäftsführer für die KapESt auf die an ihn geflossene vGA haften, besteht ein enger Zusammenhang mit der Gesellschafterstellung. Werbungskosten liegen nicht vor, vielmehr hat die Anrechnung der KapESt bei der Veranlagung der Einkünfte aus Kapitalvermögen Vorrang. Dies gilt auch für Aufwendungen eines GmbH-Geschäftsführers aus der Inanspruchnahme aus einer für die GmbH übernommenen Bürgschaft. Sie sind keine Werbungskosten bei den Einkünften aus nichtselbstständiger Tätigkeit , wenn die Bürgschaft primär aufgrund einer angestrebten Beteiligung an der GmbH übernommen wurde. Entsprechendes gilt, wenn der Geschäftsführer für die LSt auf sein eigenes Geschäftsführergehalt in Anspruch genommen wird. Auch hier hat die Anrechnung der LSt im Veranlagungsverfahren Vorrang vor dem Abzug als Werbungskosten.
Werbungskosten können auch vorliegen, wenn der Geschäftsführer wegen Mitwirkung an einer Steuerhinterziehung im Haftungsweg in Anspruch genommen wird. Die strafbare Handlung (Steuerhinterziehung) darf jedoch nicht nur anlässlich der Arbeitnehmerstellung begangen worden sein. Die Stellung als Arbeitnehmer (Geschäftsführer) und die darauf beruhende Aufgabenerfüllung müssen ursächlich für die strafbare Handlung gewesen sein; es genügt nicht, dass die Arbeitnehmerstellung lediglich Gelegenheit zu der Straftat verschafft hat. Dem Abzug der Strafe selbst als Werbungskosten steht § 4 Abs. 5 Nr. 8 EStG, dem Abzug der Hinterziehungszinsen steht § 4 Abs. 5 Nr. 8a EStG, jeweils i. V. m. § 9 Abs. 5 EStG entgegen.
Beiträge für eine Risikolebensversicherung, die ein Gesellschafter (als Vorstand) auf das Leben eines anderen Gesellschafters (ebenfalls Vorstand) abschließt, sind auch dann, wenn der Abschluss einer Risikolebensversicherung gesellschaftsrechtlich vorgeschrieben wird und die Versicherungsleistungen für den Betrieb bzw. für betriebliche Risiken verwendet werden sollen, nicht betrieblich veranlasst und daher nicht als Werbungskosten bei den Einkünften aus nichtselbstständiger Arbeit abziehbar.