In der Praxis stellt sich oft die Frage, unter welchen Voraussetzungen bei einer Betriebsaufspaltung auf die zum Betriebsvermögen gehörenden Anteile an der Betriebskapitalgesellschaft im Betriebsvermögen des Besitzunternehmens nach § 6 Abs. 1 Nr. 2 EStG Teilwertabschreibungen erfolgen können. Der BFH hat dazu entschieden, dass wegen der besonderen funktionalen Bedeutung der Anteile für das Besitzunternehmen eine Gesamtbetrachtung der Ertragsaussichten von Besitz- und Betriebsunternehmen anzustellen ist. Eine Teilwertabschreibung auf die Beteiligung kommt demgemäß nur dann in Betracht, wenn nach einer Gesamtbetrachtung beider Unternehmen von einer (dauernden) Wertminderung auszugehen ist.
Nur wenn der Steuerpflichtige nachweist (Beweislast beim Besitzunternehmen), dass bei einer Gesamtbetrachtung der Ertragsaussichten von Besitz- und Betriebsunternehmen ein Betriebserwerber des Besitzunternehmens für die Anteile einen hinter den Anschaffungskosten zurückbleibenden Betrag zahlen würde, ist eine Teilwertabschreibung auf die Anteile an der Betriebskapitalgesellschaft geboten. Hintergrund dieser Beurteilung ist der Umstand, dass Besitzunternehmen und Betriebsgesellschaft zwar formal getrennt sind, dass sie aber in funktionaler Hinsicht eine Einheit bilden.
Ebenso stellt sich die Frage, ob ein Besitzunternehmen den niedrigeren Teilwert einer Forderung (sei es eine Darlehens-, Pacht- oder sonstige Forderung) gegen seine Betriebsgesellschaft im Rahmen einer Teilwertabschreibung ansetzen kann. Der BFH hat hierzu entschieden, dass der Teilwert einer Forderung des Besitzunternehmens gegen die Betriebsgesellschaft nur nach denselben Kriterien abgeschrieben werden kann, die für die Teilwertberichtigung der Beteiligung am Betriebsunternehmen durch das Besitzunternehmen bestehen. Es ist eine Gesamtbetrachtung der Ertragsaussichten von Besitz- und Betriebsunternehmen notwendig. Sind die Ertragsaussichten dauerhaft so gering, dass der gedachte Erwerber des Besitzunternehmens für die Anteile am Betriebsunternehmen einen Preis zahlen würde, der unter dem Buchwert der Beteiligung am Betriebsunternehmen liegt, ist (auch) eine Teilwertabschreibung der Darlehensforderung (Pachtforderung) gerechtfertigt.
In der Steuerbilanz besteht ein Wertaufholungsgebot für die Fälle, in denen die Voraussetzungen für eine Teilwertabschreibung wegen voraussichtlich dauernder Wertminderung am betreffenden Bilanzstichtag nicht (mehr) vorliegen. Dabei kommt es nicht darauf an, ob die konkreten Gründe für die vorherige Teilwertabschreibung weggefallen sind. Auch eine Erhöhung des Teilwerts aus anderen Gründen führt zu einer Korrektur des Bilanzansatzes.